Вышла замуж за герцога Баварского Генриха IV, который в 1002 году стал королём Германии, в 1014 году — императором Священной Римской империи. Их брак был бездетным. В день свадьбы, подражая Пресвятой Деве Марии и святому Иосифу, Кунигунда дала обет вечного целомудрия. Существует также и другое мнение: брак Кунигунды и Генриха был основан на взаимной любви, а в его бездетности виноваты хронические болезни супругов. Слухи же о целомудренной жизни этой пары, возможно, связаны с канонизацией супругов и появились позднее.
По преданию, обвинённая в супружеской неверности, Кунигунда была должна встать босыми ногами на раскалённый лемех и осталась невредимой. Этот сюжет часто встречается в немецкой и раннефлорентийской живописи.
Очень быстро добилась серьёзного влияния в государственных делах. Муж официально утвердил её «consors regnii» — равноправным соправителем. Кунигунда участвовала в заседаниях имперского совета и в 1007 году принимала участие в работе синода во Франкфурте. В 1012 году командовала армией, разгромившей в сражении поляков.
В 1018 году по решению мужа, которого добивалась девять лет, возвратила герцогство Баварию своему брату Генриху, лишённому этого владения за мятеж против Генриха II. В 1021 году председательствовала на заседании Королевского суда в Регенсбурге. Участвовала в распределении ленов, пожертвованиях и других вопросах государственного управления.
Во время того, как её супруг Генрих был занят ведением многочисленных войн, она управляла государством, созывала на заседания совет, занималась призывом в армию.