В Бургундии Генрих III познакомился с «treuga Dei» — церковными установлениями «Божьего мира», требовавшими в память о днях страстей Господних соблюдать перемирие по всем церковным праздникам и еженедельно с вечера среды до утра понедельника.
«Божьему миру» Генрих уподобил свои королевские требования. На синоде в Констанце он с церковной кафедры выступил с проповедью мира и отпущением грехов. Обеспечив осенью 1046 года мир в стране и на границах, Генрих отправился в Италию. Итальянские князья посетили его двор уже в январе 1040 года. От планировавшегося Конрадом военного похода против Милана отказались сразу же, как только получили известие о его смерти. Архиепископ Ариберт Миланский вскоре после этого прибыл ко двору, принес извинения и вернул себе свой сан.
Папа Бенедикт IX, тускуланец и племянник обоих своих предшественников, подчинился королю Генриху точно так же, как подчинялся его отцу. Он проявил снисходительность к Бржетиславу Богемскому, разграбившему реликвии, был суров с Абой Венгерским и через двух своих легатов санкционировал не соответствующий канонам брак Генриха. Однако, вопреки интересам империи и Аквилейского патриархата, он восстановил самостоятельность патриархата Градо. Утверждение, что он якобы стал папой уже с двенадцатилетнего возраста, и обвинения его в порочности являются позднейшей клеветой реформаторов: папой в их духе Бенедикт, конечно, не был. Вероятно, недовольство его жестким правлением в городе привело к восстанию римлян осенью 1044 года и к семинедельному понтификату Сильвестра III, епископа Сабинского, которого поддерживали Кресценции.