После того как Кипр перешёл под власть католического французского рода де Лузиньян, на острове по инициативе первого короля Кипра Амори I де Лузиньяна с одобрения папы Целестина III были учреждены архиепархия латинского обряда в Левкосии и три подчинённые ей епархии в Лимасоле, Пафосе и Фамагусте. Епархия Фамагусты была учреждена 13 декабря 1196 года.
После падения Акры в 1291 году столица Иерусалимского королевства перемещается в Фамагусту, отныне именно здесь, в соборе Святого Николая, кафедральном храме епархии Фамагусты, проводилась коронация иерусалимский королей. Епархия Фамагусты, ранее являвшаяся простым епископством, стала олицетворением «святого» города Иерусалима. Короли Кипра стремились придать городу и епархии особый статус. Леонтий Махера писал:
Так как сарацины захватили Иерусалим из-за вражды и многих несчастий короли передали Фамагусте его титул, а также печати и монетный двор. И когда короли Иерусалима должны были короноваться, они приходили в Фамагусту.
В 1295 году папа Бонифаций VIII своей буллой присоединил к епархии Фамагусты епархию Антерадена, самую близкую к Фамагусте сирийскую епископию, завоёванную мусульманами. Епископ Фамагусты отныне именовался «епископ Фамагусты и Антерадена». В епархии Фамагусты продолжили свою деятельность капитул и каноники Антерадена, а равно иные церковные должностные лица.
В булле Бонифация VIII 1295 года подчёркивалось, что избрание каноников Антерадена отныне должно было утверждаться архиепископом Никосии, несмотря на то, что церковь Антерадена находилась под юрисдикцией патриарха Антиoхийского. Присоединение к епархии Фамагусты епархии Антерадена ещё более подчеркивало исключительный статус епархии Фамагусты.