Людовик начал подготовку к походу, но у него возникли финансовые проблемы. Поэтому он решил – пусть платят союзники и в частности – Флоренция, которой пришлось выплатить сразу 200000 дукатов.
В августе 1501 французские войска вторглись на территорию Неаполя, а испанский экспедиционный корпус высадился в Калабрии. Неаполитанский король Федериго сдался на милость победителей.
К 1502 году Южная Италия оказалась разделённой между Францией и Испанией. Но по окончанию раздела между союзниками разгорелись споры из-за земли. Весной 1503 г. начались стычки между французами и испанцами из-за спорных областей Базиликаты и Капитанаты. После того испанская армия под командованием Гонсало де Кордовы разбила французов в битве при Чериньоле и битве при Гарильяно, Людовику пришлось вернуться в Ломбардию. Итальянские государства надеялись, что испанцы двинутся на север и отнимут у французов Ломбардию, но испанцы, оттеснив французов с юга, предпочли закрепиться на новых землях.
31 января 1504 года Людовик и Фердинанд подписали мирный договор в Блуа, согласно которому Франия признала Неаполитанское королевство владением Испании, но сохранила за собой Ломбардию и Геную. В результате Южная Италия перешла под власть испанского короля, в Северной сохранилась гегемония Франции, а в Средней Италии была восстановлена власть папы римского.
Также государством, извлекшим выгоду из этой войны, была Венеция, получившая после падения Милана значительные территории Ломбардии, Неаполя, ряд апулийских портов. Многие верили, что в Италии наступит долгожданный мир, но как покажут будущие события до конца преодолеть все противоречия получится не скоро.