Родился в семье работника пивоваренного завода в Безансоне. Учился в гимназии, но не закончил её, работал в типографиях Марселя, Парижа и других городов, а в 1836 г. открыл собственную небольшую типографию в своём родном городе.
Война в графстве продолжалась до 1227 года. В неё был втянут и герцог Бургундии Гуго IV. Мир был заключён в июне 1227 года, согласно ему Оттон наконец то получил Бургундское графство в своё полное распоряжение. Однако планируемый брак между Оттоном II и Бланкой Шампанской так и не состоялся.
После смерти в 1228 году маркграфа Истрии Генриха Оттон унаследовал владения брата. Позже Оттон передал Истрию своему брату, патриарху Аквилеи Бертольду. Также Оттон поднял вопрос о возвращении церковных ленов, конфискованных у семьи в 1208 году, для чего он вступил в переговоры с епископом Бриксена. Итогом переговоров стало то, что в июне 1232 года Оттону были переданы лены в Иннтале и Пустертале в Северном Тироле, отобранные у Генриха Истрийского в 1208 году.