Паоло Сколари был уроженцем Рима и стал первым после кончины Иннокентия II римлянином на папском престоле. Точная дата его рождения неизвестна, но хронисты отмечают его преклонный возраст к моменту избрания на кафедру.
В течение длинного понтификата Александра III хранил ему верность и последовательно назначался архипресвитером Латеранского собора, кардиналом-диаконом Санти-Серджо-э-Бакко и, наконец, кардиналом-епископом Палестрины. Через два дня после кончины Григория VIII в Пизе Паоло Сколари был избран папой и принял имя Климента III. 7 января 1188 года Климент III был коронован, церемонию проводил его будущий преемник — кардинал Джачинто Бобоне Орсини.
Будучи уроженцем Рима, Климент III сумел добиться примирения папства с римлянами, завершив тянувшийся c 1143 года конфликт, и вернуться в свою столицу в феврале 1188 года. Окончательный договор был подписан 31 мая 1188 года: по нему римляне сохранили за собой право выборов магистратов, но право назначения губернатора города было передано папе.
К числу примечательных решений Климента III относятся утверждение архиепископов Трирского и Сент-Эндрюсского. 13 марта 1188 года Климент III освободил шотландскую Церковь от власти архиепископа Йорка, подчинив её напрямую Святому престолу.