В день первой годовщины объявления независимости Перу, в Гуаякиле был назначен референдум на предмет определения его судьбы
"Встреча в Гуаякиле" с точки зрения стратегических задач завершения войны за независимость на Южном конусе конечно сыграла свою позитивную роль. Как справедливо заключает известный отечественный латиноамериканист А.Н. Глинкин, встреча "открывала новые горизонты для сотрудничества патриотических сил, несмотря на сохранившееся различие позиций ее участников". Однако главное ее значение, возможно, состояло в том, что удалось остановить готовый разразиться острый пограничный конфликт, который мог развести по разные стороны баррикад две патриотические армии, и это тогда, когда лагерь роялистов в Перу еще не был разгромлен.
Что же касается личных позиций Сан-Мартина, то события в Гуаякиле еще более осложнили их. В глазах перуанской властной элиты Сан-Мартин потерпел поражение и не смог отстоять благоприятный для Перу исход местных событий. Однако по возвращении в Лиму 19 августа 1822 г. его ждал новый удар. За время месячного отсутствия он лишился своего надежного соратника, всесильного министра Б. Монтеагудо. 25 июля по единодушному требованию жителей Лимы тот был" лишен всех постов и званий и 30 июля 1822 г. выслан в Панаму под строжайшим запретом когда-либо впредь возвращаться обратно в страну. Радикальная политика Монтеагудо, направленная на максимальное ущемление позиций состоятельных испанских и креольских кругов в Лиме, особенно насильственная депортация их семей в Чили в мае 1822 г., сделали его личность совершенно одиозной.
Сан-Мартин нес полную ответственность за политику Монтеагудо и, естественно, счел, что этот удар был направлен и против него. С учетом его личного кризиса как военного и политического лидера, негативных последствий поездки в Гуаякиль, нежелания участвовать в назревавшем пограничном конфликте с Колумбией, а также личных мотивов становится понятным окончательное решение Сан-Мартина об отставке и уходе с политической сцены.
В письме О’Хиггинсу от 25 августа 1822 г. он писал; "Вы упрекнете меня в том, что я не закончил начатого дела. Вы во многом правы, мой друг, но все-таки больше прав имею я. Поверьте, я устал слушать, как меня называют тираном, что повсюду я хочу быть королем, императором и даже демоном. С другой стороны, мое здоровье основательно подорвано, климат этой страны сведет меня в могилу. Наконец, мои юность была посвящена службе - испанцам, зрелость - моей Родине, думаю, что я имею право распорядиться своей старостью".
Сан-Мартин незамедлительно предпринимает шаги по созыву конституционного конгресса, который многократно откладывался. 20 сентября 1822 г. на первом заседании конгресса Сан-Мартин слагает с себя полномочия Протектора и принимает пожалованный ему за заслуги почетный титул Основателя свободы Перу. Вечером того же дня, в обстановке абсолютной секретности Сан-Мартин направился в порт Анкон. Там его ожидала шхуна, отплывавшая в Вальпараисо. С пристани в Анконе 21 сентября, перед тем как навсегда покинуть перуанскую землю, он направил послание перуанскому народу; "Я присутствовал при объявлении независимости Чили и Перу. В моих руках штандарт, под которым Писарро поработил империю инков, и с сегодняшнего дня я перестаю быть политическим деятелем. С лихвой вознаграждены десять лет революции и войны. Мои обещания народам, во имя которых я вел войну, выполнены: добиться независимости и оставить на их волю избрание собственного правительства".
Непредубежденный анализ ситуации, сложившейся вокруг Сан-Мартина, позволяет расставить иные акценты по сравнению с установившейся традицией. Скорее нужно говорить не "о самопожертвовании" или "добровольной и великодушной отставке", а о вынужденном, но "реалистическом шаге". К сентябрю 1822 г. Сан-Мартин выполнил свою историческую задачу, пусть и не в оптимальном варианте, и благоразумно покинул перуанский театр войны перед лицом непреоборимых внутренних и внешних трудностей, которые он как военный и политический лидер уже не мог преодолеть. Тем самым он совершил акт высокого гражданского мужества, неоднозначно оцененный его современниками и потомками.