В Успенском соборе состоялось избрание и наречение первого Русского Патриарха
Федор Иоаннович так обращался к Думе:
По воле божией, в наказание наше, восточные патриархи и прочие святители только имя святителей носят, власти же едва ли не всякой лишены; наша же страна, благодатию божиею, во многорасширение приходит, и потому я хочу, если богу угодно и писания божественные не запрещают, устроить в Москве превысочайший престол патриаршеский; если вам это угодно, объявите; по-моему, тут нет повреждения благочестию, но еще больше преуспеяния вере Христовой
С этой идеей было решено обратиться к восточным православным патриархам. Начались длительные переговоры.
В 1588 в Москву прибыл за «милостыней» Константинопольский патриарх Иеремию II. Его окружили почестями, однако фактически удерживали в Москве, пока не удалось склонить его к учреждению Московского Патриаршества.
Первым Патриархом стал митрополит Московский Иов.
Основным делом Иова стало проведение преобразований в русской церкви, намеченных Соборным уложением 1589 г. Почти все епископские кафедры были повышены в ранге, открылось несколько новых. Иов возвел в сан четырех митрополитов, пятерых архиепископов и одного епископа на семь задуманных новых епархий. Установил общецерковные праздники некоторым уже признанным ранее святым, канонизировал ряд новых.
Патриарх способствовал распространению христианства среди инородцев Сибири, Казанского края, Корельской области. В Москве, в целях водворения большего благочиния в низшем духовенстве, было учреждено восемь поповских старост.
После кончины царя Федора в 1598 г. Иов оказался во главе государства. Именно он предложил Земскому собору сделать царем Бориса Годунова. В период борьбы с Лжедмитрием I Иов призвал народ к войне за веру и отечество. Будучи лично знаком с Григорием Отрепьевым, он рассылал грамоты, призывающие не доверять самозванцу.
После смерти Бориса Годунова Иов организовал присягу молодому царю Федору Борисовичу. Однако вскоре правительственные войска перешли на сторону самозванца. Изменники убили Федора и его мать. Лжедмитрий занял Москву.
Людские массы, среди которых были и крестьяне и горожане, казаки и холопы, дворяне и священники, бояре и архиереи признали законным государем всея Руси Лжедмитрия. Патриарх Иов был с позором изгнан толпой из Успенского собора. Он оказался единственным архиереем, отказавшимся признать нового царя, невзирая на просьбы и угрозы Лжедмитрия. Иова сослали в Старицкий Успенский монастырь, где содержали под строгим надзором.
В феврале 1607 г. после победы над Лжедмитрием и воцарения Василия Шуйского вместе с новым патриархом Гермогеном он разослал по стране прощальную и разрешительную грамоту, отпуская народу все прежние клятвопреступления и призывая верно служить новому царю. В том же году Иов скончался в Старицком монастыре.
Патриарх Иов был причислен к лику святых в 1989 г.