15 марта 1545 г. открылся Вселенский собор в городе Тренто, названный Тридентским собором. В булле папы, посвященной открытию собора, обозначались его задачи: определение католической веры и реформа церкви. Также постулировалась необходимость систематизации и унификации католического учения.
Целью созыва этого собора было поднятие авторитета католицизма и его упрочнение. Собравшиеся там представители церкви разделились на две партии: непримиримую папскую и компромиссную императорскую. Папская партия осуждала догматику и ошибочные, еретические учения. Они отвергали любую возможность переговоров с протестантами на равных. Императорская партия желала рассмотреть причины еретических учений, причины деморализации духовенства. Они желали разрешить допускать к обсуждению многих важных вопросов светских лиц, провести переговоры с протестантами. Императорская партия была очень слаба, и Павлу III удалось навязать собору свою программу.
В это же время император Священной Римской империи Карл V одержал несколько побед в войне с протестантами-курфюрстами. Это могло усилить позиции императорской партии на соборе, заставить и папскую партию пойти на уступки. Такого поворота событий не желал Павел III. Чтобы не допустить этой ситуации, он решил лишить Карла V своей военной помощи и отозвал свои войска из Германии, прекратил финансовую поддержку императорских войск. Место заседания собора было перенесено в Болонью. Но не все его участники согласились с этим решением. Возникла ситуация, когда часть собора заседала в Тренто, а часть находилась в Болонье. При этом и та, и другая часть фактически бездействовали.