Был заключен Конкордат Наполеона — соглашение между папой Пием VII и Французской республикой в лице Первого консула, по которому католицизм был объявлен религией большинства французов
При этом свобода вероисповедания сохранялась, священнослужители назначались и оплачивались государством, а церковь отказывалась от притязаний на возвращение своих земель, конфискованных во время революции.
Папа Пий VII был избран конклавом в Венеции 21 марта 1800 года, 3 июля въехал в Рим. Наполеон в это время находился в Италии: 2 июня он был в Милане, где восстановил Цизальпинскую республику, а 14 июля произошла битва при Маренго, которая укрепила власть Первого консула. Далее Наполеон отрезал значительную часть Церковной области, ограничив владения Святого престола территориями, согласно Толентинскиму договору 1797 года. Видя успехи Франции, Папа решил искать пути к примирению с новой властью в Париже.
В ноябре 1800 года в столицу Франции прибыли архиепископ Коринфский Йозиф Спина и Верховный генерал ордена сервитов Карл Казелли для переговоров. Со стороны Франции переговоры вел Этьен-Александр Берьньер, который ранее помог Наполеону установить мир в Вандее. Несмотря на то, что сравнительно быстро удалось урегулировать вопросы, связанные с церковной собственностью, переговоры зашли в тупик касательно статуса католицизма во Франции. Святой престол настаивал на признании католической религии в качестве религии всех французов, что не устраивало Бонапарта, который не хотел создавать межконфессиональную напряжённость в стране.
Кризис в переговорах зашёл так далеко, что Наполеон даже угрожал вторгнуться в Папскую область и поддержать распространение протестантизма во Франции. Посол Франции в Риме убедил Папу прислать на переговоры своего секретаря Эрколе Консальви, который сумел прийти к соглашению с французскими властями. В результате католицизм не был признан государственной религией Франции, но «религией большинства французов... которую исповедуют Консулы». Такая формулировка устроила обе стороны.
Также было принято решение об отставке всех французских епископов, при этом новые назначения будут сделаны Первым Консулом, и Святой Престол предоставит им инвеституру. Такой шаг означал окончание раскола во французском духовенстве, который образовался после не принятия частью епископов нового устройства духовенства. В последний момент недовольство Бонапарта вызвала статья о свободе исповедания культа, и стороны вынуждены были переписать эту статью, согласившись, что разрешаются свободные католические богослужения, однако проходить они будут в соответствии с регламентом, установленным правительством, исходя из необходимости общественного спокойствия.
26 мессидора IX года Конкордат был подписан Жозефом Бонапартом и Эммануэлем Крете со стороны Французской республики и представителем Святого престола Эрколе Консальви со стороны Папы.
Пий VII ратифицировал Конкордат буллой Ecclesia Christi 15 августа 1801 года. Наполеон ратифицировал подписание Конкордата 23 фрюктидора IX года, однако по французским законам Конкордат не считался принятым вплоть до 18 жерминаля X года, когда он был одобрен Законодательным корпусом и Трибунатом.
Подписание и ратификация Конкордата имели огромное значение как для католической церкви, так и для Наполеона. Фактически документ определил взаимоотношения между католической церковью и Францией на столетие. Несмотря на то, что церковная деятельность попадала под контроль светской власти, Папа получил право утверждать епископов и фактическое возвращение Франции в лоно церкви. Уступив во второстепенных вопросах, Пий VII сохранил единство церкви. Конкордат усилил популярность Первого консула, выбив из рук роялистов такое обвинение, как игнорирование церкви и при этом, Наполеона получал контроль над духовенством на законных основаниях. Конкордат был хорошо принят обществом, однако, часть епископов не приняли соглашение и отказались подписывать прошение об отставке, как это было предусмотрено второй статьей Конкордата. Оппозиция особенно была сильна в Вандее, Пуату, Шаролэ, Нижней Нормандии и Бельгии. Подобный раскол продолжался ещё долгое время и был преодолен только в 1893 году папой Львом XIII.