Альфонсо Арагонский тайно прибыл в Рим
Альфонсо Арагонский — герцог Бишелье и принц Салерно, внебрачный сын Альфонса II, короля Неаполя. Последний отрёкся от него в пользу своего законного сына Фердинанда. Альфонсо печально известен своим браком с Лукрецией Борджиа: прожив с дочерью папы римского всего два года, он был убит по приказу своего шурина Чезаре Борджиа.
Чтобы упрочить свои связи с Неаполем, папа Александр VI договорился о браках между домом Борджиа и королевской семьёй Арагона. Сестра Альфонсо Санча Арагонская была отдана за младшего сына папы Джоффре Борджиа в 1494 году. Папа Александр задумал женить своего сына Чезаре Борджиа на Карлотте Арагонской, законной дочери недавно коронованного Фредерика IV, однако та отказалась выйти за него. Чтобы успокоить папу, король Фредерик в конце концов дал согласие на бракосочетание между 18-летней дочерью папы Лукрецией Борджиа и 17-летним Альфонсо Арагонским.
15 июля 1498 года Альфонсо тайно прибыл в Рим. Они с Лукрецией поженились в Ватикане 21 июля; празднования проходили за закрытыми дверями. Альфонсо принёс в распоряжение Борджиа королевские города Салерно, Куадрата и Бишелье, а Лукреция, в свою очередь, была обеспечена приданым в 40 тысяч дукатов. Супруги договорились, что они будут оставаться в Риме, по крайней мере, один год и не будут обязаны постоянно жить в Неаполе до тех пор, пока не умрёт отец Лукреции. Согласно Грегоровиусу, „молодой Альфонсо был справедливым и любезным“, „самый симпатичный молодой человек, которого можно было встретить в императорском городе“. По всем признакам, Лукреция искренне любила своего мужа. В феврале 1499 года у Лукреции родился первый ребёнок от Альфонсо, однако, как сообщают, он не выжил. Впрочем, вскоре Лукреция снова забеременела.
С постепенным изменением политической ситуации папа Александр VI решил сблизиться с Францией, врагом семьи Альфонсо. С этой целью он устроил брак между Чезаре Борджиа и Шарлоттой Д’Альбре, сестрой короля Жана III Наваррского. Альфонсо более не чувствовал себя в безопасности, и, когда Франция задумала вторгнуться в Неаполь, 2 августа 1499 года он покинул Рим без своей жены, которая была на шестом месяце беременности. Поступок Альфонсо привёл в ярость папу, который приказал найти сбежавшего зятя и послал за ним войска, правда впустую.
Тем временем Лукреции в распоряжение были даны города Сполето и Фолиньо, что означало, что Альфонсо был супругом без формальных обязанностей. В конце концов Альфонсо был обнаружен, когда посланное Лукреции письмо попало в руки папы; в них он пытался убедить жену присоединиться к нему в Дженаццано. Король Неаполя был вынужден выдать Альфонсо: тот встретился со своей женой в Непи, и затем они вместе вернулись в Ватикан в сентябре 1499 года. В ночь с 31 октября на 1 ноября у Лукреции родился сын Родриго, крещённый этим именем в честь её отца.