Двоюродный брат императора Конрада II и дальний родственник Генриха III, а также один из последних представителей династии Этихонидов. Он родился в Эгисхайме, Верхний Эльзас.
Лев IX был епископом в Туле, в семье Гуго IV. На этой должности он оказал важные политические услуги Конраду II и Генриху III. Он также стал широко известен как искренний сторонник реформирования церкви в духе Клюнийского движения.
После смерти папы Дамасия II в 1048 году, благодаря влиянию императора Генриха III, Бруно был избран новым папой на синоде в Вормсе. И император, и римские делегаты согласились с выбором. Тем не менее, Бруно, по-видимому, выступал за каноническое избрание и заявил, что он должен сначала прибыть в Рим и быть избранным духовенством и народом Рима. Вскоре после Рождества он встретился с аббатом Гуго Клюнийским в Безансоне, где к нему присоединился молодой монах Хильдебранд, который впоследствии стал папой Григорием VII. Прибыв в паломнической одежде в Рим в феврале следующего года, Бруно был принят с большим радушием и рукоположён под именем Льва IX.
Лев положил начало спорам по поводу инвеституры и безбрачия духовенства. Он был ярым сторонником реформы церкви. Не выступая против назначения королём епископов и аббатов, основные усилия сосредоточил на подъёме морального уровня духовенства. Проявил себя решительным борцом с симонией, обусловленной на тот момент практикой светской инвеституры. Уже в апреле 1049 г. созвал собор в Риме, который сместил ряд епископов. В октябре 1049 г. созвал собор в Реймсе. В Реймском соборе он повелел выставить на алтаре гроб с мощами св. Ремигия, окрестившего Хлодвига. Каждый из присутствовавших на соборе епископов и аббатов должен был поклясться перед этими мощами, что он невиновен в грехе симонии.