Во время встречи опричного войска новгородским духовенством на Великом мосту через Волхов, царь обвинил в измене архиепископа Пимена

Альберт Шлихтинг в своём «Сказании» писал что царь надругался над саном Пимена и сказал, что ему не пристало быть архиепископом, но следует стать скоморохом и жениться. Царь воплотил в жизнь свою шутку: с Пимена были торжественно сняты принадлежности его сана, после чего в нищенском одеянии он был посажен на белую кобылу, объявленную его женою, к которой его привязали ногами, вручили ему бубны и волынку и в этом виде его водили по городу. Лишённый сана Пимен был сослан в Никольский Веневский монастырь под Тулой, где он вскоре скончался.

Князь Андрей Курбский в своей «Истории о великом князе Московском» пишет, что Пимен был казнён царём:

Этот Пимен был человеком чистой и строгой жизни, но говорят, что он вместе с клеветниками был гонителем митрополита Филиппа, а немногим позже и сам смертную чашу испил от того мучителя, который, приехав в Новгород Великий, велел его в реке утопить.

Место Пимена на новгородской кафедре занял Леонид, также пострадавший от Ивана IV.