После смерти Магеллана вставшие во главе экспедиции Жуан Серран и Дуарте Барбоза вступили в переговоры с Лапу-Лапу, предлагая ему выкуп за тело Магеллана, но тот ответил, что тело не будет выдано ни при каких условиях. Неудача переговоров окончательно подорвала престиж испанцев, и вскоре их союзник Хумабон заманил их на обед и устроил резню, убив несколько десятков человек, в том числе почти весь командный состав. Кораблям пришлось срочно отплыть. Находясь почти у цели, флотилия потратила несколько месяцев, чтобы достичь Молуккских островов.
Там были закуплены пряности, и экспедиции предстояло отправиться в обратный маршрут. На островах испанцы узнали, что португальский король объявил Магеллана дезертиром, поэтому его суда подлежали взятию в плен. Суда обветшали. «Консепсьон» был ранее оставлен командой и сожжён. Оставалось только два корабля. «Тринидад» был отремонтирован и отправился на восток к испанским владениям в Панаме, а «Виктория» — на запад в обход Африки. «Тринидад» попал в полосу встречных ветров, был вынужден возвратиться к Молуккским островам и был захвачен в плен португальцами. Большинство его экипажа погибло на каторге в Индии. «Виктория» под командованием Хуана Себастьяна Элькано продолжила маршрут. Экипаж был пополнен некоторым числом островитян-малайцев. На корабле вскоре стало не хватать провизии, и часть экипажа стала требовать от капитана взять курс на принадлежащий португальской короне Мозамбик и сдаться в руки португальцев. Однако большинство моряков и сам капитан Элькано решили любой ценой попытаться доплыть до Испании. «Виктория» с трудом обогнула мыс Доброй Надежды и затем два месяца без остановок шла на северо-запад вдоль африканского побережья.