Наполеон вступает в Берлин

В результате ошеломившего всю Пруссию поражения при Йене и Ауэрштедте союзники потеряли более 20 000 человек убитыми и ранеными, а также 18 000 пленными. Большая часть прусской артиллерии оказались в руках французов. Было убито, ранено и пленено 20 генералов.

27 октября, то есть менее, чем через две недели после Йенской катастрофы, император французов с триумфом въехал в Берлин в окружении четырёх своих маршалов и нескольких элитных подразделений Великой армии. Моральное состояние пруссаков было столь сильно подавлено, что всего через месяц после начала войны Наполеону сдался прекрасно укреплённый Магдебург. Кроме того, с 15 октября по 5 января 1807 года французам сдались следующие крепости: Эрфурт, Шпандау, Штеттин, Кюстрин, Ченстохова, Хамельн, форт Плассенбург, Глогау и Бреславль.

Пруссия пала. Победа французского оружия в кампании 1806 года была полной, сокрушительной и безоговорочной. Правительство, генералитет и народ Пруссии были подавлены и отказались от сопротивления Императору. По мнению самого Наполеона, Йена стала третьим самым счастливым днем в его жизни после победы при Маренго и под Аустерлицем.

Как отмечал Клаузевиц, Пруссия «погибла из-за своих форм государственного устройства». Феодальное королевство Фридриха Вильгельма III, законсервированное в своём развитии из-за упадка правительственного аппарата и опиравшиеся на одни лишь заслуги своих предков, не выдержало столкновения с революционно-новаторским подходом Франции, выраженным как в новой тактике ведения боевых действия, так и в более прагматичном подходе Наполеона при назначении на руководящие посты в армии.

После поражения при Йене руководящими кругами были сделаны соответствующие выводы, в результате которых была начата модернизация армии, одними из идеологов и претворителей в жизнь который были Карл фон Клаузевиц, Герхард фон Шарнхорст и Август фон Гнейзенау.