Митрополитом Московским и всея Руси становится Филипп, в миру - Федор Колычев
Митрополит Филипп отважился выступить против расправы, учиняемой над людьми опричниками и обвинить царя Ивана IV в совершаемых им злодействах. За это Филипп был лишен сана митрополита, а в 1569 году был умерщвлен Малютой Скуратовым по указанию царя.
Когда Филипп из своей отдаленной обители прибыл в Москву, Иоанн принял его с великою честию, удостоил своей царской трапезы и щедро одарил. Но как только предложил ему в присутствии всего освященного Собора и бояр митрополитскую кафедру, то Филипп сначала смиренно отказывался, ссылаясь на слабость своих сил и уподобляя себя малой ладье, неспособной носить великой тяжести, а потом, будучи "понуждаем" царем и Собором на митрополию, смело "сказал, чтобы царь и великий князь отменил опричину; а не отменит - ему, Филиппу, митрополитом быть невозможно; а если его и поставят в митрополита, он затем оставит митрополию".
Царь прогневался; но по челобитью архиепископов и епископов отложил свой гнев и велел сказать Филиппу, чтобы он "в опричину и в царский домовый обиход не вступался, и на митрополию ставился, и после поставления не оставлял ее из-за того, что царь не отменил опричины, и не велел ему вступаться в царский домовый обиход, а советовал бы с царем, как прежние митрополиты советовали с отцом его и дедом".
И Филипп "дал свое слово архиепископам и епископам, что он по царскому слову и по их благословлению соглашается стать на митрополию, что в опричину и в царский домовый обиход ему не вступаться, а по поставлении из-за опричины и царского домового обихода митрополии не оставлять". В таких выражениях составлен был приговор и 20 июля подписан нареченным на митрополию соловецким игуменом Филиппом и за ним двумя архиепископами и пятью епископами.
Через пять дней совершилось в Успенском соборе поставление митрополита Филиппа при соучастии всех святителей Русской земли, кроме двух: Полоцкого, пред тем скончавшегося, и Тверского Акакия, находившегося в тяжкой болезни. Сам Иоанн присутствовал при торжестве с своими детьми и двоюродным братом Владимиром Андреевичем.