Климент V издает буллу «Pastoralis Praeminentiae»
Рано утром в пятницу 13 октября 1307 года проживавшие во Франции члены ордена были арестованы чиновниками короля Филиппа. Аресты производились именем Святой инквизиции, а владения тамплиеров конфисковал король.
Членов ордена обвиняли в тягчайшей ереси — в отречении от Иисуса Христа, в том, что они плевали на распятие, целовали друг друга непристойным образом и практиковали мужеложство, а также поклонялись идолу Бафомету на своих тайных собраниях, кремировали умерших братьев и подмешивали пепел в общую трапезу и т. д. В октябре и ноябре арестованные тамплиеры, в том числе Жак де Моле, Магистр ордена, и Гуго де Пейро, генеральный визитатор, почти одновременно признали себя виновными. Ко многим заключённым применялись пытки, несколько сот тамплиеров было замучено до смерти в первые же дни после арестов. Затем де Моле публично повторил свое признание перед собранием теологов Парижского университета. Со своей стороны Филипп IV написал другим христианским монархам с настоятельной просьбой по его примеру арестовать всех тамплиеров в их владениях.
Папа Климент V видел в действиях Филиппа посягательство на исключительно папскую юрисдикцию над тамплиерами. Однако вынужденный смириться со свершившимся фактом, он попытался возглавить преследования. 22 ноября 1307 года папа издал буллу «Pastoralis praeeminentiae», в которой приказывал всем христианским монархам произвести аресты тамплиеров и конфискацию их земель и имущества. Эта булла положила начало судебным процессам в Англии, в Испании, в Германии, Италии и на Кипре. Два кардинала были посланы в Париж для личного допроса руководителей ордена. Однако в присутствии представителей папы де Моле и де Пейро отказались от своих признаний и настоятельно просили остальных тамплиеров сделать то же.
В начале 1308 года папа приостановил инквизиционные процессы. Филипп IV и его люди в течение полугода тщетно пытались воздействовать на папу и побудить его возобновить следствие. Во время личной встречи короля и папы в Пуатье в мае-июне 1308 года после долгих споров папа наконец согласился начать два судебных расследования: одно должно было осуществляться папской комиссией внутри самого ордена, второе — представлять собой серию судов на уровне епископств для определения вины или невиновности того или иного члена ордена. На октябрь 1310 года был намечен Вьеннский собор, которому предстояло вынести окончательное решение по делу тамплиеров.
Епископальные расследования под контролем и давлением самих епископов, тесно связанных с французским престолом, начались в 1309 году. В большинстве случаев тамплиеры повторили свои признания после суровых и продолжительных пыток. Папская комиссия, расследовавшая деятельность ордена в целом, начала слушания в ноябре 1309 года. Братья-тамплиеры, вдохновляемые священниками Пьером де Болонья и Рено де Провеном, стали последовательно защищать Орден и своё достоинство перед лицом папской комиссии.
К началу мая 1310 почти шестьсот тамплиеров пришли к решению защищать орден, полностью отрицая вырванные у них признания, сделанные перед инквизиторами в 1307 или перед епископами в 1309 году. Папа Климент отложил Собор на год до 1311. Архиепископ Санса, ставленник короля, вновь начал расследование по делу отдельных членов ордена в своей епархии, постановил, что 44 человека виновны как повторно впавшие в ересь, и передал их светским властям, приводившим в исполнение церковные приговоры. 12 апреля 1310 года пятьдесят четыре тамплиера были приговорены к сожжению на костре и казнены в предместье Парижа. Один из двух главных вдохновителей защиты ордена в суде, Пьер де Болонья, пропал без вести, а Рено де Провен был приговорён советом провинции Санс к пожизненному тюремному заключению. Слушания папской комиссии закончились только в июне 1311 года.
Летом 1311 года папа объединил свидетельские показания, полученные во Франции, с материалами следствия из других стран. Только во Франции и в подвластных ей землях от тамплиеров добились признания вины. В октябре 1311 наконец состоялся Вьеннский собор. Папа потребовал упразднения ордена, обесчестившего себя и уже не способного существовать далее в прежнем виде. Сопротивление отцов Собора было довольно значительным. Папа, под давлением короля Франции, настоял на своих требованиях, заставив аудиторию молчать под страхом отлучения от церкви. Булла «Vox in excelso» от 22 марта 1312 года ознаменовала роспуск ордена, а согласно булле «Ad providam» от 2 мая вся собственность ордена передавалась их соперникам госпитальерам. Вскоре после этого Филипп IV изъял у госпитальеров крупную сумму денег как судебную компенсацию.
Многих тамплиеров приговорили к различным срокам заключения, иногда пожизненно. Тех кто не признал своей вины заточали в монастыри, где они до конца жизни влачили жалкое существование. Предводители были приговорены к пожизненному заключению. Гуго де Пейро, генеральный визитатор ордена, и Жоффруа де Гонневиль, приор Аквитании, выслушали приговор молча, однако Магистр Жак де Моле и приор Нормандии Жоффруа де Шарнэ громко протестовали, отвергая обвинения, и утверждая, что святой орден чист перед Богом и людьми. Король потребовал их осуждения как впавших в ересь вторично, и в тот же вечер они были сожжены на одном из островков Сены. Ранее де Моле и де Шарнэ частично признали справедливость наветов чтобы избежать пыток. Если бы они признали вину на суде, то возможно, отделались бы церковным покаянием и извержением из сана. Заявив же о своей полной невиновности, обрекли себя на мучительную казнь как злостные еретики.
Утверждают, что для высокопоставленных духовных лиц, как де Моле, практиковалось удушение или опаивание наркотиками, чтобы заглушить жестокую боль при сожжении заживо. Но ничего этого не было сделано, и они испытали все муки сполна. Охваченный пламенем, де Моле, сколько хватало жизни, яростно кричал о своей невиновности, проклиная короля и папу, и звал их за собой на Страшный суд.