Территория, на которой расположен Краков, была населена с древних времён. Одним из свидетельств этого являются находящиеся здесь Курган Крака и Курган Ванды. Исторические хроники свидетельствуют, что раньше в районе Кракова были и другие курганы.
Первое упоминание о Кракове в исторических документах относится к 966 году: арабский путешественник Ибрагим ибн Якуб описывает его как заметный торговый центр под властью чешского князя. Польский князь Мешко I отвоевал эти места у чехов и включил их в свои владения. Краков быстро рос и богател, и в 1000 году Болеслав Храбрый основал в Кракове епископскую кафедру.
Языческие восстания в Польше привели к тому, что в 1039 году Казимир I перенёс в Краков свою столицу. С 1138 года, согласно «Статуту Болеслава Кривоустого», Краков стал центром Сеньориального удела, который должен был переходить к старшему в роду Пястов. Развитие города привело к появлению легенд о его происхождении, одной из которых стала легенда о Вавельском драконе, записанная Викентием Кадлубеком.
В 1241 году, во время монгольского вторжения в Польшу, Краков был почти полностью уничтожен монголами. В 1257 году Краков был отстроен вновь, и Болеслав V Стыдливый даровал ему самоуправление в соответствии с магдебургским правом. В 1259 году город опять был разграблен монголами, однако в 1287 году монгольское нападение удалось отбить.