Чимид-Дорджи и Дзанабадзар официально обратились к императору Канси о принятии их в подданство империи Цин

Смута в Халхе началась из-за конфликта халхаских Тушэту-хана Чимид-Дорджи и Дзасагту-хана Цэнгуна по поводу перебежчиков.

В 1684 году цинский император Канси вмешался во внутренний конфликт халхаских князей, отправив письмо на имя Далай-ламы V с просьбой отправить в Халху своего представителя с тем, чтобы примирить враждующие стороны. После двух неудачных попыток примирительного съезда, этот съезд всё же собрался осенью 1686 года; от Далай-ламы прибыл Цултрим Даргье — настоятель центрального монастыря Ганден, формальный глава школы Гелуг.

Помимо него, а также высокопоставленного цинского чиновника Арни, присутствовал и Дзанабадзар, специально приглашённый по настоянию Канси и также настаивавший на том, чтобы его старший брат Чимид-Дорджи вернул перебежчиков Дзасагту-хану. Несмотря на возникший протокольный спор о старшинстве Дзанабадзара и Галдан-ширету, спровоцированный присутствовавшим на съезде ойратским ханом Галдан-Бошогту, было принято соглашение о примирении Тушэту-хана и Дзасагту-хана.

Однако практически сразу же Тушэту-ханом, при поддержке Джэбцзун-Дамбы Дзанабадзара, вновь была развязана война, в которой, помимо Дзасагту-хана, погиб и брат ойратского Галдан-Бошогту-хана Дорджежаб. Вину Тушэту-хана в возобновлении войны признавал и Канси. Это вызвало вторжение ойратов в Халху, и тут Тушэту-хан стал терпеть поражения. Галдан-Бошогту разрушил личный монастырь Дзанабадзара, и он бежал сначала в Эрдэни-Дзу, а затем, преследуемый ойратами, перебрался в Унгши. Это вынудило Чихуньдоржа вместе с Дзанабадзаром в 1687 году обратиться за военной помощью к цинскому двору. Государственный совет при пекинском дворе решил, что это — удобный случай для признания цинского господства над Халхой.

1 октября 1688 года, после очередного крупного поражения, Чихуньдорж и Дзанабадзар официально обратились к цинским властям с просьбой о принятии их в маньчжурское подданство. В мае 1691 года на Долонноре собрался съезд халхаских ханов, который должен был одобрить включение Халхи в состав империи Цин. На съезде князьям был зачитан указ маньчжурского императора о том, что он становится их сюзереном.

Халха была административно включена в Цинскую империю, но на несколько других условиях, чем Внутренняя Монголия. Последняя находилась под прямым управлением Палаты по делам внешних народов в Пекине, а Халха — под управлением военного губернатора в г. Улясутай, ему же подчинялся Урянхайский край. Хотя внутренние дела Халхи оставались в руках монголов, Канси создал 72 новых князя, и позже их число возрастало, чтобы ослабить власть Богдо-гэгэна и монгольских ханов.