Революционная армия осадила восставший Лион
В начале революции Лион проявил себя сторонником умеренной политики. Однако жители были крайне недовольны Гражданским устройством духовенства и экстремальными мерами, установленными Конвенцией. Большинство перешло в оппозицию. Земли и строения церкви были поделены на наделы и распроданы.
Во время первой французской революции Лион в 1793 году принял сторону противников Конвента. В разгар террора в 1793 году жители выступают против вымогательств денег, которыми занимается якобинский муниципалитет. 29 мая 1793 года в Лионе вспыхивает восстание, свергнувшее диктатуру якобинца Шалье. В это же время в Париже якобинцы казнят жирондистов. Таким образом, Лион автоматически стал неприятелем господствующего на тот момент парижского движения. Конвент объявил город врагом революции и послал против него армию под руководством генерала Келлермана.
9 августа 1793 года армия Келлермана, насчитывавшая около 65 тыс. человек, осадила Лион, гарнизон которого не достигал десяти тысяч. Осада Лиона растянулась на два месяца. В августе и сентябре произошли несколько сражений, в результате которых осаждавшие продвинулись вперёд, но Лион не сдавался. 22 сентября войска республиканцев, расположившиеся на левом берегу Роны, начали артиллерийский обстрел города раскалёнными ядрами. 29 сентября осаждавшим удалось захватить последние редуты лионцев на правом берегу Соны и форт Сент-Фуа. 9 октября остатки армии защитников города попытались прорвать осаду, но были разгромлены.
12 октября 1793 года назначается разрушение Лиона. Комиссары конвента Колло д’Эрбуа, Фуше и Кутон не исполнили этот приговор всецело, но тысячи жителей были расстреляны или гильотинированы, лучшие здания разрушены, крепостные стены разбиты, как и красивые фасады новых зданий площади Белькур. Этот период ознаменовался кровавыми расправами с местными жителями.
Продавцы шёлка разорились, 75 % промышленных предприятий остановилось. Смертность достигла 45 %.
После революционных погромов Лион оправлялся очень медленно, только с 1801 года город стал возрождаться экономически благодаря особому вниманию Наполеона, который лично заложил первый камень при начале восстановления площади Белькур, а также благодаря успешной работе префектов.
В 1850-х годах в городе было основано католическое движение «Общество Прадо».
Кроме конкуренции других стран, Лиону повредили восстания 1831, 1834 и 1849 годов, подавленные военной силой. В 1840, 1856 и 1882 годах Лион пострадал от наводнений. В 1872 и в 1894 году здесь были большие промышленные выставки. При посещении последней был убит президент Карно.
Лион был центром немецких оккупационных сил во время Второй мировой войны, а также оплотом французского Сопротивления.