В Лиму прибывает Франсиско де Толедо, пятый вице-короля Перу
В 1568 году король Филипп, наконец, выбрал нового вицекороля, который стал преемником графа де Ньева. Им стал дон Франсиско де Толедо, пятидесятитрехлетний брат графа де Оропеса, человек, который считал, что его карьера скромного государственного чиновника уже подошла к концу.
Прежде чем отправиться в дальнее путешествие к месту своего назначения, Толедо попросил короля созвать специальную комиссию, чтобы обсудить дела Индий, в особенности будущее энкомьенд.
Специальное заседание, известное как Хунта Магна, состоялось в доме самого могущественного человека в Испании кардинала Диего де Эспиноса, президента Совета Кастилии. Протоколы закрытых обсуждений Хунты не были опубликованы, но, очевидно, шли дебаты по различным вопросам, которые должны были определить будущее Перу и его жителей: механизм управления, обращение индейцев в христианскую веру, будущее энкомьенд, налогообложение индейцев, роль индейской аристократии, объединение индейцев в более крупные общины и обеспечение рабочей силой рудников, которые имеют крайне важное значение.
Новый вице-король Франсиско де Толедо не только получил указания претворять в жизнь все пожелания Хунты по этим ключевым политическим вопросам, но и широкую свободу действий в выборе способов их достижения. Толедо оказался человеком выдающихся способностей. Он стал одним из величайших колониальных правителей. Он высадился в Трухильо, прошел через прибрежную пустыню и достиг Лимы 30 ноября 1569 года. Прошли пышные церемонии, во время которых лицензиат Гарсия де Кастро и Аудиенсия Лимы передали ему бразды правления.
Вице-короля принял архиепископ Херонимо де Лоайса, произошла встреча с представителями духовенства и жителями города. Будучи вице-королем, Франсиско де Толедо ввел новую модель испанского колониального правления, которой суждено было продлиться до XIX века. Он также решил судьбу коренного населения Перу.