Первым европейцем, увидевшим остров Хендерсон, стал Педро Фернандес Кирос
Он дал ему название Сан-Хуан Баптиста. 17 января 1819 года остров был повторно обнаружен судном «Геркулес» британской Ост-Индской компании во главе с капитаном Хендерсоном, в честь которого и был назван остров.
2 марта 1819 года на острове останавливалось судно «Элизабет» под управлением капитана Генри Кинга. Его команда вырезала название судна на дереве и в течение нескольких лет остров носил двойное название.
С 20 по 27 декабря 1820 года на острове находился экипаж потерпевшего крушение китобойного судна «Эссекс», доплывшие сюда на спасательных шлюпках. Трое членов экипажа решили остаться на острове, в то время как остальная команда отправилась в плавание к Южной Америке. 9 апреля 1821 года они были спасены.
В 1980-е годы американский бизнесмен Артур Ратлифф предлагал купить или арендовать остров и организовать на нем небольшое поселение со взлетно-посадочной полосой. Совет Питкэрна дал своё согласие на это в апреле 1981 года, однако Министерство иностранных дел и по делам Содружества наций Великобритании ветировало это решение для охраны природы острова, который позже стал объектом всемирного наследия.
Раз в год жители Питкэрна приезжают на остров для заготовки деревьев видов Thespesia populnea и Cordia subcordata. Данные деревья они используют для изготовления поделок, которые обеспечивают им значительную часть доходов.
Одной из загадок острова является пещера с родником, в которой обнаружены человеческие скелеты. Считается, что это захоронения древних полинезийцев, пришедших с архипелага Гамбье в юго-восточной французской Полинезии, но до сих пор точное происхождение первых поселенцев острова не установлено. Они оставили многочисленные захоронения, содержащие человеческие скелеты, а также загадочные петроглифы на окрестных скалах, земляные печи, каменные орудия и другие поделки, хотя никто не знает, откуда они прибыли и носителями какой культуры являлись. Согласно археологическим данным люди на острове жили в XII—XV веках. Причины исчезновения людей с острова неизвестны, однако считается, что это связано с упадком поселений людей на Питкэрне и атолле Мангарева.