Начался диспут, на котором Цвингли, на основании Библии, должен был доказать истинность своего учения

Реформация в Южной и Западной Европе пошла по другому пути, чем в Центральной, Северной и Восточной. Если в этих регионах поддержка реформаторов обеспечивалась земельными правителям, то в Швейцарии, конфедерации независимых территорий, города сами выбирали то вероисповедание, которое считали верным.

Начало же этому было положено в Цюрихе, где в 1518 году священником кафедрального собора был избран известный проповедник Ульрих Цвингли. Уже хорошо изучивший Библию, он в своих проповедях начал учить народ тому, что спасение достигается не соблюдением религиозной обрядности, а верой в искупительную жертву Иисуса Христа. Необходимо заметить, что Рим первоначально достаточно безразлично отнёсся к новому реформатору — назревала война с Францией, а из всех швейцарских кантонов только Цюрих поддержал Папу, предоставив в его распоряжение свои войска. Даже изгнание Цвингли торговца индульгенциями монаха Самсона удостоилась не осуждения, а похвалы представителя местного епископа.

Так продолжалось до 1522 года, когда Цвингли сам пошел на обострение ситуации. Сперва в марте 1522 года он с кафедры высказался об отсутствии необходимости соблюдения церковного поста, а в июле того же года написал два открытых письма — епископу Констанцскому и членам Швейцарского Союза о вреде целибата и разрешении духовенству вступать в брак. Это был уже вызов. Однако и этот вызов не вызвал ожидаемых мер со стороны римского священноначалия — напротив, папский легат передал Цвингли письмо, в котором ему сулились огромные блага, если бы он стал поддерживать интересы Рима. Однако Цвингли проигнорировал эти предложения.

В это время цюрихский городской совет назначил проведение диспута, на котором Цвингли на основании Библии должен был доказать истинность своего учения. На диспут были приглашены архиепископ и представители всех кантонов, однако приехали только представители Шаффхаузена. Архиепископ прислал своего викария Фабера, которому была дана установка выслушать Цвингли, но в прения не вступать. В свою очередь реформатор основательно подготовился к диспуту, написав 67 тезисов — программу как церковной, так и государственной реформы, которую он собирался на этом диспуте защитить.

Диспут начался 29 января 1523 года. Фабер как мог, увиливал от полемики, однако Цвингли ухватился за его неосторожное высказывание о необходимости заступничества святых и потребовал обосновать этот тезис на основании Библии. Несостоятельность аргументов Фабера была очевидна даже сторонним наблюдателям. На следующий день Фабер заявил, что прочитал тезисы и готов отстаивать позицию Церкви, однако в этот день его поражение было сокрушительным. По итогам диспута Цюрих впредь отказался признавать власть Констанцского архиепископа и приступил к широким церковным реформам.

Был отменён целибат и разрешен брак священников. 28 октября 1523 года состоялся второй диспут, на котором обсуждались вопросы: согласуется ли с Библией почитание икон и следует ли считать мессу жертвой. На оба вопроса был дан отрицательный ответ, однако городской совет отложил окончательно решение вопроса до весны 1524 года, и 15 мая 1524 года издал указ об отмене мессы и уничтожении икон. В итоге из церквей были удалены все изображения, сломаны органы, мощи святых захоронены. С 1525 года в Цюрихе начало практиковаться причащение прихожан «под двумя видами», то есть вином и хлебом.

Помимо прочего, Цвингли приступил к переустройству церковной организации — если раньше вся власть принадлежала епископам, то Цвингли усилил демократические тенденции в организации церкви, поставив во главе приход, который сам избирал себе проповедника. Приходы составляли Синод. В дальнейшем такая форма церковной организации получила название конгрегационализм, и в настоящее время весьма популярна среди различных протестантских деноминаций. Для подготовки кадров новой церкви в Цюрихе при активном участии Цвингли был открыт теологический колледж Каролинум ). Помимо этого были реорганизованы имеющиеся церковные школы и открыто много новых.

Однако даже столь решительные меры со стороны Цвингли имели критиков, требовавших более радикальных преобразований. Как и в других местах Европы, такая борьба проходила под знаменем анабаптизма, который в Цюрихе возглавили Конрад Гребель и Феликс Манц. Участники движения готовились начать восстание — как в соседней Германии, однако энергичные меры властей позволили его предотвратить. В 1527 вожди анабаптистов во главе с Феликсом Манцем были утоплены.