Рижский бургомистр Николай фон Экк издал указ об изъятии у православной церкви Русской деревни двух колоколов и об их переносе в церковь святого Иоанна

28 августа 1582 года рижский бургомистр Николай фон Экк издал указ об изъятии у православной церкви Русской деревни двух колоколов и об их переносе в церковь святого Иоанна, которая благодаря вмешательству польского короля Стефана Батория открыла новую страницу в своей истории: она стала лютеранской церковью латышского прихода. Всё, что было связано с церковью, было передано во владение рижского рата.

Последним «истязателем» русского православного храма стал шведский завоеватель Густав II Адольф, подчинивший себе Ригу в 1621 году. Тогда он лично освидетельствовал покинутую церковь святого Николая, изъявив желание изъять пять православных икон в качестве военных трофеев и увезти из в Швецию. Естественно, о возобновлении работы церкви для населения Русского подворья речи тогда не шло. При этом помимо изъятия редких ценных икон, шведские чиновники разорили православный храм, забрав из него другие ценности. Иконы были подарены Густавом университетской библиотеке Уппсалы, в которой они хранятся и по сей день. Согласно описи экспонатов музея при Уппсальском университете, объекты фигурируют под загадочным обозначением «трофеи из Иезуитского монастыря в Риге в 1622 году».

Само Русское подворье было ликвидировано как район во второй период Ливонской войны, не принесший ощутимого успеха русской армии. Единственный дом в современном Старом городе, помнящий историю Русской деревни — здание по улице Алдару, 11. Остальные пришли в упадок, были со временем снесены. Сама улица Алдару фигурирует в источниках до конца XVI века под названием Русская улица — такое название было впервые зафиксировано в 1345 году. На карте средневековой Риги 1400 года, приведённой в порядок немецким архитектором, архивистом и краеведом Вильгельмом Нейманом, также отчётливо видны границы Русской деревни, а также прорисована Русская улица.