Националисты, желавшие, чтобы Португалия осталась независимым государством, провозгласили в Сантарене королём Португалии и Алгарве Антонио из Крату
Война за португальское наследство — война, шедшая с 1580 по 1583 годы между двумя основными претендентами на португальскую корону: Антонио из Крату, первоначально провозглашённым королём Португалии, и Филиппом II Испанским, который в итоге и занял португальский трон как Фелипе I.
Энрике был самым младшим братом короля Жуана III и поэтому считалось, что его шансы на престол ничтожны, так что он выбрал духовную карьеру и стал кардиналом. После смерти брата, начиная с 1557 года, Энрике был регентом при своем внучатом племяннике Себастьяне I. Когда Себастьян I погиб во время военной авантюры в Марокко, Энрике как последний представитель династии получил престол Португалии. Он решил отказаться от духовных титулов и жениться для продолжения династии, однако папа римский Григорий XIII, поддерживавший Габсбургов, не освободил его от священнических клятв. Энрике умер, не назначив Регентский Совет, который мог бы выбрать преемника на трон.
На португальский престол образовалось несколько претендентов: Катерина, её племянник Рануччо, Филипп II и Антонио из Крату. В соответствии с феодальным правом, наибольшими правами обладал Рануччо, как ближайший мужской родственник Катерины, затем сама Катерина, затем Филипп, и Антонио.
Так как самому Рануччо было в этот момент всего 11 лет, а его отец — Алессандро Фарнезе — был подчинённым испанского короля, то на его правах не сильно настаивали. Младшая сестра его матери — Катерина — напротив, очень настаивала на своих правах, и её позицию подкрепляла позиция её мужа Жуана I, герцога Браганса, который сам был потомком внебрачного сына короля Жуана I. Герцогиня проживала в Португалии и находилась в дееспособном возрасте, так что ей препятствовали лишь пол, и то, что она была второй дочерью.
Филипп, стремясь объединить Испанию и Португалию, попытался подкупить Жуана, чтобы тот уговорил жену отказаться от своих прав. Жуану был предложен пост вице-короля Бразилии, пост магистра Ордена Христа, право ежегодно посылать собственный корабль в Индию, а его дочь должна была выйти замуж за Диего, принца Астурийского. Однако герцог Браганса отказался от этих предложений.
Надежды Катерины пошли прахом, когда националисты 24 июля 1580 года провозгласили в Сантарене королём Португалии и Алгарве Антонио из Крату. Однако он правил в Континентальной Португалии лишь 33 дня: 25 августа испанская армия, которой командовал герцог Альба, разбила португальцев в сражении при Алькантаре. Два дня спустя испанцы вступили в Лиссабон.
В начале 1581 года Антонио бежал во Францию, а затем, воспользовавшись тем, что испанские войска не заняли Азорские острова, отплыл туда с отрядом французских искателей приключений, которым командовал флорентийский кондотьер Филиппо Строцци, однако испанский флот под командованием Альваро де Басана разбил португальскую флотилию в ходе сражения при Понте-Дельгада 26-27 июля, а в следующем году отвоевал острова для своего короля русск., полностью подавив мятеж.
Победа испанцев на море привела к быстрому завоеванию испанцами Азорских островов, что завершило включение Португалии в состав Испанской империи. Португальские кортесы в Томаре в 1581 году признали Филиппа II королём Португалии под именем Фелипе I. Начался период, известный как «Иберийская уния».