Писарро отплыл из Панамы, возглавив первую из трех своих исследовательских экспедиций
Через несколько дней поднял паруса и второй корабль, которым командовал Альмагро. Писарро достиг устья реки Виру, следуя вдоль, берегов нынешней Колумбии. Это была печальная земля. Болотистое побережье, комары, тропическая жара и никаких следов человека.
Скоро дал знать о себе и голод. Видя, что его экспедиции грозит серьезная опасность, Писарро принял решение высадиться на берег, а корабль послать к не слишком отдаленным Жемчужным островам за провизией. Корабль уплыл. Голод все усиливался. Только через семь недель Монтенегро, замещавший на корабле Писарро, вернулся с припасами. К этому времени около сорока человек умерло от голода. Место, где экспедиция Писарро испытала столько мучений, до сих пор сохранило название Пуэрто-дель-Амбре.
Ослабевшие конкистадоры, так и не дождавшись корабля Альмагро, продолжали путь на юг. Достигнув небольшого гористого полуострова, они увидели индейскую деревню. Когда завоеватели сошли на берег, деревня эта — позднее ее назвали Пунта Кемада — была пуста. Писарро хотел здесь обосноваться, но уже во время первой разведки, окрестностей, которую возглавил Монтенегро, индейцы напали на его отряд, и много солдат при этом было убито. Вслед за тем индейцы, опередив отступающего Монтенегро, атаковали основные силы экспедиции. Испанцы опять понесли потери, и сам Писарро получил несколько ранений. Немного золота Писарро все же нашел, и поэтому экспедиция могла вернуться в Панаму. Между тем Альмагро, напав на след Писарро, высадился на том же полуострове и захватил даже деревню Пунта Кемада. Правда, для самого Альмагро эта битва кончилась плохо: индейская стрела лишила его глаза.
Тем не менее Альмагро решил двинуться дальше. Он достиг устья неизвестной ему реки, которую назвал Сан-Хуан. Здесь жили индейцы-земледельцы, более миролюбивые, чем их северные соседи. Не обнаружив нигде больше следов Писарро, Альмагро тоже повернул на север. В Чикаме, на Панамском перешейке, оба конкистадора наконец встретились. Ни неудачи, ни большие потери не отбили у них охоты к новым авантюрам. Ведь золото они нашли и теперь уже не сомневались, что где-то не очень далеко, за рекой Сан-Хуан, лежит «золотая страна». Было решено, что Альмагро вернется в Панаму. С помощью золота он добьется согласия губернатора на новую экспедицию и найдет для нее солдат. Писарро же тем временем будет залечивать раны в Чикаме.
В Панаме план новой экспедиции, которую предлагал Альмагро, не вызвал большого энтузиазма. У губернатора Педрариаса Давила были свои планы. Он готовил поход на север, в Никарагуа, и был заинтересован в том, чтобы поселенцы присоединились к его экспедиции. К тому же особого успеха первое плавание Писарро, казалось, не принесло... Зато священник патер Луке был настроен более оптимистично. Он вложил в дело последние свои сбережения и употребил все красноречие церковника, чтобы смягчить Давилу и добиться его согласия на новую экспедицию. 10 марта 1526 года в панамском соборе был подписан новый договор; согласно ему вся слава, вся прибыль, которые будут приобретены в завоеванных землях, должны опять быть поделены на три части.