Герман фон Зальм при поддержке герцога Баварии Вельфа IV победил императора в битве при Блейсфилде на реке Майн и овладел Вюрцбургом.

В 1086 году Вельф в союзе с антикоролём Германом Зальмским в битве при Блейсфилде на реке Майн разбил армию Генриха IV.

12 апреля 1088 года Вельф снова смог захватить Аугсбург, взяв в плен князя-епископа Зигфрида II.

Успешное сопротивление Вельфа постепенно привело императора Генриха IV к мысли вернуть ему Баварию и заключить с ним мир. Переговоры начались в Рождество 1089 года в Регенсбурге и продолжились в феврале 1090 года в Шпайере. Однако ещё в 1089 году папа римский Урбан II благодаря дипломатии добился заключения брака между противницей Генриха IV сорокатрёхлетней маркграфиней Тосканы Матильдой и семнадцатилетним Вельфом V, сыном Вельфа IV. Из-за этого переговоры о мире между императором и Вельфом IV успехом не увенчались, а сам Вельф вступил в союз с папой против Генриха IV. Союз привел к концентрации власти на юге Германии и севере Италии в руках противников императора.

Однако вскоре переговоры между Вельфом и Генрихом IV, который успешно проводил кампанию в Италии, возобновились. В августе 1091 года Вельф IV отправился в Верону, где находился лагерь императора, но переговоры опять успехом не увенчались, Вельф отказался признать папой Виберта, соперника Урбана.

Вскоре борьба Вельфа против императора возобновилась. В 1093 году Вельф снова напал на Аугсбург. В том же году Вельф поддержал мятеж Конрада, старшего сына Генриха IV, который был возведён в Милане на трон короля Италии.

Однако зимой 1095 году Вельф V развелся с Матильдой Тосканской, что ознаменовало распад вельфско-тосканского союза. Летом Вельф IV возвратился в Германиию и возобновил переговоры с императором. В итоге в 1096 году Вельф IV и Генрих IV помирились, при этом Вельф вновь получил Баварию.

В 1097 году умер Альберто Аццо II д’Эсте, отец Вельфа IV, и он отправился в Италию, чтобы предъявить права на отцовское наследство, на которое претендовали также его братья Фульк и Гуго, сыновья от второго брака с Гарсендой Мэнской. Но в итоге успеха Вельф не добился, все владения отца унаследовал Фульк.

В 1098 году владения Вельфа увеличились за счёт Восточной Швабии.

В апреле 1101 года немолодой уже Вельф IV отправился в крестовый поход. Однако в Иерусалиме он заболел и умер по дороге домой в Пафосе на Кипре. Его останки позже были привезены в Германию и были захоронены в родовой гробнице в аббатстве Вайнгартен в Альдторфе.