В грамоте впервые упомянуто название города Берн
Существует много как научных, так и народно-этимологических версий происхождения названия города.
Наиболее распространенная легенда повествует о том, что основатель города герцог Бертольд V Церингенский решил назвать город по первому убитому во время охоты в окружных лесах зверю, которым оказался медведь.
Лингвистически слова «Берн» и «медведь» не имеют общих корней. Народная этимология иллюстрируется медведем на гербе города.
По другой версии название Берн происходит от видоизмененного названия итальянского города Вероны, поскольку бернская знать была связана родственными узами с веронскими феодалами. На эту версию указывает то, что в III—V веках немецким названием Вероны был Bern или Welsh Bern, а остготский король Теодорих Великий, деятельность которого также связана с Вероной, также звался Дитрихом Бернским.
Наиболее же вероятным в настоящее время считается происхождение названия Берн от кельтского bren или brena с последующей перестановкой в Bern, Berne.
Окрестности Берна были заселены не позднее Латенского периода. Старейшее кельтское поселение, обнаруженное на Ангельском полуострове, относится предположительно к концу II века до н. э. В древнеримский период на полуострове расположился галло-римский vicus, заброшенный в период с 165 по 211 год н. э.
Из раннего средневековья осталось множество захоронений.
В конце XII века бургундским герцогом Бертольдом V был основан собственно город Берн. В «Cronica de Berno», написанной в 1309 году, годом основания указан 1191 год. Новооснованный город стал быстро развиваться, поскольку оказался удобным центром владений герцога, настолько обширных, что за ним закрепилось прозвище «Богатый». В 1218 году Бертольд умер, не оставив наследников. Его бургундские владения перешли к императору Священной Римской империи Фридриху II, при этом Берн был объявлен имперским городом.
В середине XIII столетия монахи монастыря, расположенного недалеко от Берна, подделали документ, получивший название «Золотая Хартия Берна». Документ представлял из себя пергамент с текстом 54 статей, устанавливающих не только статус «имперского города», действительно дарованный Фридрихом, но и ряд особых привилегий в городском самоуправлении, делавших Берн, по сути, независимым государством. Пергамент был скреплён именной печатью императора Фридриха II из чистого золота, из-за чего его и стали называть «золотой Хартией». В 1272 году город предъявил эту Хартию первому королю из династии Габсбургов, Рудольфу I, в подтверждение своих исконных прав, — и Рудольф, разбиравшийся с имуществом империи после 10 лет анархии, признал Хартию действительной.
Так Берн стал относительно свободным городом Позднего Средневековья — с полным самоуправлением, — сохранявшим лишь некоторую политическую и финансовую зависимость от империи. С присоединением Берна в 1353 году к «Союзу восьми земель», — город заявил о своей полной независимости. Свободу пришлось отстаивать в битвах с империей следующие 35 лет. В 1389 году империя признала суверенитет Берна, заключив с «Союзом восьми земель» мирный договор.