Тушэту-хан впервые обратился к цинскому императору Канси, прося его выступить в карательный поход против Галдана
В 1680-х годах империи Цин удалось склонить некоторых правителей Халхи к принятию подданства маньчжурского императора. Такое положение дел беспокоило джунгарского хана, который видел залог независимости монголов в их объединении.
В самой Халхе началась междоусобная борьба за власть. В 1688 году Тушэту-хан Чимэддоржи совершил нападение на владения своего противника Шара-Дзасагту-хана, который заключил союз с джунгарским ханом. Шара-Дзасакту-хан погиб в битве. Галдан-хан отправил на помощь своему союзнику небольшой отряд под командованием младшего брата Дорчжи-Чжаба. Тушэту-хан разгромил ойратов и убил Дорчжи-Чжаба.
В том же 1688 Галдан-хан во главе 30-тысячной джунгарской армии по трём дорогам вторгся в Халху и разгромил Тушэту-хана Чимэддоржи. Тушэту-хан с монгольским войском встретился с джунгарской армией в местности Кара-Эрчик и Цаган-Эрчик. Здесь противников встретил посланец из Лхасы, действовавший от имени Далай-ламы, и предложил помириться. Тушэту-хан отступил со своими отрядами к озеру Чукдус-Нор, где стал ожидать переговоров.
Однако Галдан-хан, разорив некоторых тайджи правого крыла Халхи, из-за гор Хангай вступил в левое крыло и дошёл до местности Тэмур. Здесь ойраты разгромили отряд сына Тушэту-хана. Передовые отряды ойратов подошли к Эрдэни-Дзу – знаменитому монастырю Халхи, резиденции Чжэбдзун-Дамба-хутухты, брата Чимэддоржи. На подступах к Эрдэни-Дзу Галдан-хан второй раз разделил свои силы. До этого, только перевалив Хангай, Галдан-Бошогту был вынужден выслать заслон на север против хотогойтов Алтан-хана, занявших по отношению к нему враждебную позицию.
Теперь Галдан-хан выделил еще один отряд для похода на ставку Чжэбдзун-Дамба-хутухты, а сам, зная о смерти Илдэнравдана-цэцэн-хана и смене правителя в его аймаке, принял решение двинуться на Керулен, чтобы поставить под свой контроль всю Халху. Чжэбдзун-Дамба-хутукта со своими соратниками бросил резиденцию и бежал в цинские владения. Ойраты заняли монастырь Эрдэни-Дзу и ограбили его окрестности, но сам монастырь не тронули. Ставка Тушэту-хана была захвачена и разорена. Между тем Галдан-хан с главными силами подошёл к Керулену, переправился через него и двинулся вдоль реки, при этом хан рассылал гонцов к тайджи и нойонам Цэцэн-хана, уведомляя, что его враги – Чжэбдзун-Дамба-хутукту и Тушэту-хан, а с остальными халхасцами он не воюет и призывает их оставаться на месте и жить спокойно.
В конце августа — начале сентября 1688 года Галдан-хан повернул свои войска от Керулена на берега Толы для полного уничтожения сил Тушэту-хана. 8 октября 1688 года Тушэту-хан впервые обратился к цинскому императору Канси, прося его выступить в карательный поход против Галдана. 9—10 октября 1688 года у озера Улугай Галдан-хан разгромил войска Чихуньдоржа, который стал отступать в цинские владения.
Во время военной кампании Галдан-хана в Монголии его племянник и противник Цэван-Рабдан захватил ханский престол в Джунгарии. Цэван-Рабдан подчинил своей власти Турфан, разорил Хами и перекрыл перевалы через горы Хангай, ведущие из Монголии в Джунгарию. Путь к отступлению для Галдана был отрезан. Сын покойного Дзасагту-хана Цэвэнжав бежал от Галдана сначала в Южный Алтай, а затем летом 1690 года явился в Китай, подчинился Канси и просил разрешения наследовать отцовский престол Дзасагту-ханов.