Джозеф Смит назначил Дэвида Уитмера президентом церкви в Миссури, а также собственным преемником, на случай своей преждевременной смерти

Уитмер и его семья были среди наиболее ранних последователей мормонского движения. Впервые Уитмер узнал про Джозефа Смита и его видения золотых пластин во время своей деловой поездки в г.

Пальмира в штате Ньюо-Йорк, где имел разговор с Оливером Каудери, сказавшим, что «в этом есть определённая правда». Уитмер признал правдивость его рассказа и перевёз семью своего отца в Пальмиру, чтобы присоединиться к мормонам. Он был обращён в мормонскую веру в июне 1829 г., почти за год до формального основания Церкви святых последних дней. По-видимому, в том же месяце Уитмер заявил, что он, вместе с Джозефом Смитом-младшим и Оливером Каудери видел ангела, который представил им Золотые пластины в видении. После этого Уитмер, Каудери и Харрис подписали совместное заявление, удостоверяющее подлинность пластин. Заявление было опубликовано в первом издании Книги Мормона и после того включалось почти во все её последующие издания.

Когда 6 апреля 1830 г. Дж. Смит-младший основал Церковь Иисуса Христа святых последних дней, Уитмер был среди 6 первых её членов., руководили церковью в Миссури до лета 1837 года. После краха банка Кёртлендского страхового общества Смит и его советник Сидней Ригдон, преследуемые кредиторами и прошедшие через несколько судов, переехали в местечко Фар-Уэст в штате Миссури. Последовавшая за тем борьба за лидерство привела к исключению из руководства церкви в Миссури братьев Уитмеров и Уильяма Фелпса, а также ряда других видных лидеров — таких, как Оливер Каудери.

Уитмер и другие отлучённые мормоны стали известны как «раскольники». Им принадлежали большие земельные участки в округе Колдуэлл, штат Миссури, которые они хотели сохранить за собой. Однако глава церковного президентства, Сидней Ригдон, в своей «проповеди о соли» публично призвал к их изгнанию из штата. Некоторые мормоны образовали тайное общество, известное как даниты, которое поставило цель избавить мормонскую общину от раскольников. Получив письменные угрозы данитов, Уитмер и его семья бежали в близлежащий город Ричмонд в штате Миссури.

Уитмер и другие раскольники пожаловались немормонскому населению Миссури на принудительный отъём их имущества и начали подавать судебные иски о возврате собственности. Это стало одной из причин Мормонской войны в Миссури. В результате конфликта большинство мормонов были изгнаны из Миссури к началу 1839 года.

Уитмер использовал своё положение одного из Трёх свидетелей для критики мормонской церкви. «Если вы верите в моё свидетельство о Книге Мормона», писал Уитмер, «если вы верите, что Бог говорил для нас с тремя свидетелями своим собственным голосом, то я говорю вам, что в июне 1838 г. Бог говорил со мной снова своим собственным голосом с небес и сказал мне отделиться от Святых последних дней, ибо что они искали сотворить со мной, то пусть постигнет их самих».

После переселения основной массы мормонов в новооснованный город Наву в Иллинойсе Уитмер продолжал жить в Ричмонде, где он владел платной конюшней и пользовался общественным уважением.

После убийства Джозефа Смита в 1844 г. возник кризис преемника, когда за пост главы церкви боролись несколько фракций — их возглавляли соответственно Бригам Янг, Сидней Ригдон, Джеймс Стрэнг и ряд других. Многие из прежних последователей Ригдона к тому времени разочаровались в нём, к тому же ещё помнили о том, что когда-то Смит назначал Уитмера своим преемником. Краткое время в Кёртленде существовала церковь уитмеритов, однако сам Уитмер не принимал никакого участия в её деятельности, и вскоре она прекратила существование.

Около этого времени с Уитмером начал переписываться его давний друг, Оливер Каудери, также отлучённый от церкви мормонов. Каудери признал Бригама Янга законным главой мормонской церкви и был вновь принят в церковь. После этого Каудери отправился к Уитмеру, чтобы убедить его также присоединиться к Янгу, однако в гостях у него умер от туберкулёза, которым давно болел.

Уитмер продолжал жить в Ричмонде, а в 1867—1868 гг. занимал должность мэра этого города. В 1876 г. Уитмер вновь заявил претензию на пост главы мормонской церкви и вновь основал церковь уитмеритов. В 1887 г. он опубликовал памфлет «Обращение ко всем верующим во Христа», в котором подтвердил своё свидетельство Книги Мормона, однако критиковал все прочие мормонские фракции. В конце жизни Уитмер объявил своего племянника своим преемником. Церковь уитмеритов просуществовала до 1960-х гг.