В Европу из первого в истории кругосветного плавания вернулся корабль «Виктория»
После смерти Магеллана вставшие во главе экспедиции Жуан Серран и Дуарте Барбоза вступили в переговоры с Лапу-Лапу, предлагая ему выкуп за тело Магеллана, но тот ответил, что тело не будет выдано ни при каких условиях. Неудача переговоров окончательно подорвала престиж испанцев, и вскоре их союзник Хумабон заманил их на обед и устроил резню, убив несколько десятков человек, в том числе почти весь командный состав. Кораблям пришлось срочно отплыть. Находясь почти у цели, флотилия потратила несколько месяцев, чтобы достичь Молуккских островов.
Там были закуплены пряности, и экспедиции предстояло отправиться в обратный маршрут. На островах испанцы узнали, что португальский король объявил Магеллана дезертиром, поэтому его суда подлежали взятию в плен. Суда обветшали. «Консепсьон» был ранее оставлен командой и сожжён. Оставалось только два корабля. «Тринидад» был отремонтирован и отправился на восток к испанским владениям в Панаме, а «Виктория» — на запад в обход Африки. «Тринидад» попал в полосу встречных ветров, был вынужден возвратиться к Молуккским островам и был захвачен в плен португальцами. Большинство его экипажа погибло на каторге в Индии. «Виктория» под командованием Хуана Себастьяна Элькано продолжила маршрут. Экипаж был пополнен некоторым числом островитян-малайцев. На корабле вскоре стало не хватать провизии, и часть экипажа стала требовать от капитана взять курс на принадлежащий португальской короне Мозамбик и сдаться в руки португальцев. Однако большинство моряков и сам капитан Элькано решили любой ценой попытаться доплыть до Испании. «Виктория» с трудом обогнула мыс Доброй Надежды и затем два месяца без остановок шла на северо-запад вдоль африканского побережья.
9 июля 1522 года изношенный корабль с измождённым экипажем подошёл к островам Зелёного мыса, португальскому владению. Не сделать здесь остановки было невозможно по причине крайнего недостатка питьевой воды и провизии. Здесь Пигафетта пишет:
В среду, 9 июля, мы добрались до островов Святого Иакова и тут же отправили лодку к берегу за провизией, придумав для португальцев историю, будто мы потеряли нашу фок-мачту под экватором, и за это время, что мы её восстанавливали, наш капитан-генерал уехал с двумя другими кораблями в Испанию. Расположив их таким образом к себе, а также отдав им нашего товару, нам удалось получить от них две груженные рисом лодки… Когда наша лодка снова подошла к берегу за рисом, были задержаны тринадцать человек экипажа вместе с лодкой. Опасаясь того, чтобы некоторые каравеллы не задержали также и нас, мы в спешном порядке направились дальше.
Интересно, что сам Магеллан совершенно не предполагал совершить кругосветную экспедицию — он лишь хотел найти западный маршрут к Молуккам и возвратиться назад, вообще для любого коммерческого рейса кругосветное путешествие бессмысленно. И только угроза нападения португальцев заставила один из кораблей продолжать следовать на запад, причём если бы «Тринидад» проделал свой маршрут благополучно, а «Виктория» была бы пленена, никакого кругосветного путешествия не было бы.
6 сентября 1522 года «Виктория» добралась до Испании, став, таким образом, единственным кораблём флотилии Магеллана, победно вернувшимся в Севилью. На корабле было восемнадцать выживших. Позже, в 1525 году, ещё четверо из 55 членов команды корабля «Тринидад» были доставлены в Испанию. Также были выкуплены из португальского плена те члены команды «Виктории», которые были схвачены португальцами во время вынужденной стоянки на островах Зелёного Мыса.