Роджер Мортимер объявил войну герцогу Ланкастеру
Несмотря на то что принц Эдуард был коронован 25 января 1327 года, страной фактически управляли Мортимер и Изабелла, которые поспешили укрепить свою власть, приказав убить Эдуарда II в сентябре в замке Беркли. Теперь богатство и власть достались Мортимеру.
Он стал констеблем замка Уоллингфорд, в сентябре 1328 года стал графом Марч. И несмотря на то что в военных действиях он разбирался куда лучше Диспенсеров, его амбиции сделали очень многих его врагами. Его сын Джеффри назвал его «королём глупости». Он жил, как король, несмотря на то что «пользовался властью, которую получил не по праву, а через двуличность и насилие».
За время своего короткого периода правления Англией он стал владельцем поместий Денби, Освестри и Клан, которые ранее принадлежали Эдварду Фицалану, графу Арунделу. Он также получил во владение от королевы поместье Монтгомери в Валлийской Марке.
Мортимер не был членом регентского совета, который возглавлял Генри, герцог Ланкастер, и не занимал ни одного важного государственного поста. Его власть базировалась на том, что он назначал своих сторонников на ключевые должности в администрации. Его ближайший друг Адам Орлетон стал лордом-казначеем, а Джон Хотэм, епископ Эли, стал лордом-канцлером. Среди его сторонников также выделялись Оливер Ингхэм и Саймон Берефорд. Главным рычагом воздействия Роджера на дела была связь с Изабеллой и то влияние, которое она имела на юного короля.
Первой проблемой, с которой столкнулось новое правительство, была Шотландия. Ещё в 1323 году стало ясно, что война против Роберта Брюса проиграна. Граф Пембрук и младший Диспенсер пробовали вести переговоры о мире, но неудачно: было заключено только временное перемирие. Брюс по-прежнему требовал формального признания его статуса независимого от Англии правителя. Роджер и Изабелла накануне их высадки в Англии договорились с Брюсом о ненападении на то время, пока они заняты свержением короля. Но для многих вельмож, особенно для Генри Ланкастера, идея мира с Шотландией была неприемлема, так как означала отказ от их претензий на земли в Южной Шотландии.
Когда Роджер и Изабелла взяли власть в Англии в свои руки, шотландцы начали собирать армию у границ. Поэтому, несмотря на соглашение, Роджер вынужден был уступить Ланкастеру и начать также собирать армию, чтобы противостоять шотландской угрозе. Веадейльская кампания 1327 года прошла безуспешно главным образом потому, что не ставилась цель достижения чего-либо. В октябре 1327 года начались переговоры, и зимой 1328 года был подписан мирный договор, ратифицированный парламентом 8 мая, главным образом по настоянию Мортимера. Англия признала Роберта Брюса королём Шотландии, его сын Давид должен был жениться на Джоан, сестре Эдуарда III, и все английские претензии на шотландские земли отменялись. Генри Ланкастер назвал этот договор «позорным» и обвинил Изабеллу и Роджера в предательстве и коварстве.
Одним из преимуществ позиции Роджера была та лёгкость, с которой сейчас стало возможно найти хороших мужей своим многочисленным дочерям. 31 мая 1328 года в замке Лудлоу праздновалась двойная свадьба его дочерей c Джеймсом Одли и Томасом Бошаном, графом Уориком. После этого Роджер и Изабелла отправились вдвоём в Берик для того, чтобы доставить юную Джоан шотландцам во исполнение своих обязательств. Но в то время как правители Англии занимались сватовством, Генри Ланкастер решил, что они предали страну своим союзом с шотландцами, а также тем, что не предоставили ему главную роль в Парламенте, как того требовал его статус.
Кроме того, у него была масса претензий к новому режиму, в том числе к быстрому обогащению Изабеллы и внезапной смерти бывшего короля Эдуарда II. В сентябре 1328 года Генри попытался захватить Эдуарда III, а когда она провалилась — отклонил своё участие в сборах парламента в Солсбери в октябре. Главной задачей сбора Парламента в Солсбери было как раз примирение Генри и Роджера — таким образом, результат не был достигнут, но Парламент вынужден был работать, и 31 октября утвердил назначение Эдуардом III его младшего брата Джона Этхемского, графом Корнуолла, Джеймсу Батлеру пожаловали титул графа Ормонда, а Роджер Мортимер стал графом Марч.
Присвоение Роджером графского титула раздражало многих, потому что выбор указания для этого титула — Марч — указывал на Валлийскую Марку и раскрывал амбиции Роджера по достижению должности, авторитетной над всем Уэльсом. По иронии судьбы — младший Хью Диспенсер ранее старался достичь того же. Эти амбиции вызвали очередное выступление оппозиции, и в декабре 1328 года Генри Ланкастер вместе с дядями короля — графами Норфолком и Кентом — издали совместное заявление, осуждающее Эдуарда III за нарушение своей коронационной клятвы, в частности в молчаливом согласии на убийство своего отца.
В результате этого, 29 декабря 1328 года Роджер Мортимер объявил войну герцогу Ланкастеру и дал ему время до 7 января для сдачи в плен, а тем временем направился в Лестершир с армией и принялся систематически опустошать все поместья Генри Ланкастера. Генри созвал сборы в Бедфорде для оказания сопротивления Мортимеру, но Томас и Эдмунд не явились на них. Брошенный своими союзниками, как и его брат Томас в 1322 году, Генри решил сдаться на милость если не короля, то Роджера Мортимера. На сей раз Мортимер был более милостив, чем его предшественники, и Генри отделался штрафом в 11 тысяч фунтов стерлингов. Другие главные сторонники Ланкастеров, такие как Томас Бразертон, также были оштрафованы за своё участие в этом мини-восстании, но с другой стороны, это было небольшое наказание, и казалось, что жизнь в Англии нормализовалась.