Выпущен указ, позднее ставший известным как "приказ об истреблении"
В нем в частности говорилось:
К мормонам следует относиться как к врагам, и в случае необходимости их необходимо либо уничтожить, либо изгнать из штата ради покоя в обществе, поскольку их бесчинства не подлежат описанию. Если вы можете увеличить ваши формирования, вам дано право это сделать до тех пределов, которые вы сами считаете разумными.
Спустя три дня после указа шайка головорезов напала на деревню Хонсмилл и зверски убила десятки мужчин, женщин и детей. 31 октября 1838 года Джозеф Смит и несколько других членов Церкви были арестованы. Лидеры милиции незаконно приговорили заключенных к смертной казни, но генерал Александр Донифан, бывший член законодательного органа штата и друг мормонов, сказал, что не допустит этого, и что подобное действие будет хладнокровным убийством. Более того, он сказал, что органы милиции не могут осудить Джозефа Смита, поскольку он является гражданским лицом и поэтому должен предстать перед гражданским судом. Несмотря на это, Джозеф вместе с остальными по прежнему находился в тюрьме, и их постоянно переводили из одной тюрьмы в другую.
После приказа об истреблении мормонов снова выгнали из их домов в разгар зимы. Бригам Янг, бывший в то время старшим апостолом, и другие члены Кворума Двенадцати Апостолов повели их в Квинси, Иллинойс, где о них позаботились добрые люди.
Джозеф Смит был брошен в сырой подвал в тюрьме Либерти, где он находился с ноября 1838 до апреля 1839 года. На какое-то время его охватило отчаяние от создавшейся ситуации, и он горячо молился. В итоге он получил два откровения, которые принесли ему утешение. В откровениях ему было сказано, что если Святые претерпят страдания за свои грехи, Господь примет их и поможет им обрести успех в конце. Бог также напомнил Джозефу Смиту о том, как сильно страдал Спаситель, и как Он обрел утешение в знании того, что Бог благословит Его соответственно Его праведности.
Джозеф и его последователи оставались в тюрьме, где с ними очень плохо обращались. Их апелляции об адвокатах и даже о праве вызвать свидетелей со своей стороны были отклонены. Наконец, 16 апреля 1839 года, пока их везли в Колумбию, Миссури, их тюремщик позволил им бежать. Они воссоединились со своими семьями 22 апреля 1839 года, а 10 мая мормоны переселились в город Коммерс в графстве Хэнкок, штат Иллинойс, которому они дали новое имя Наву.
Период, когда мормоны сначала обосновались, а затем были изгнаны из Миссури, является одним из самых трагических периодов в истории как мормонской Церкви, так и Соединенных Штатов Америки. Испытания, через которые пришлось пройти мормонской Церкви в Миссури, стали проверкой американского осуществления права свободы религии, свободы голоса и, наконец, способности демократического правительства защищать непопулярные в обществе меньшинства.