Официально учредили инквизиционный трибунал, первоначально заседавший в доминиканском монастыре в Севилье
Систематическое преследование этих подозрительных христиан инквизицией начинается со времени соединения Кастилии и Арагона в одну монархию, при Изабелле Кастильской и Фердинанде Католике, реорганизовавших инквизиционную систему.
Мотивом реорганизации являлся не столько религиозный фанатизм, сколько желание воспользоваться инквизицией для упрочения государственного единства Испании и увеличения государственных доходов, путем конфискации имущества осужденных. Душою новой инквизиции в Испании был духовник Изабеллы, доминиканец Торквемада. В 1478 году была получена булла от Сикста IV, разрешавшая «католическим королям» установление новой инквизиции, а в 1480 году был учрежден в Севилье первый трибунал её; деятельность свою он открыл в начале следующего года, а к концу его уже мог похвалиться преданием казни 298 еретиков.
Результатом этого была всеобщая паника и целый ряд жалоб на действия трибунала, обращенных к папе, главным образом, со стороны епископов. В ответ на эти жалобы Сикст IV в 1483 году предписал инквизиторам придерживаться той же строгости по отношению к еретикам, а рассмотрение апелляций на действия инквизиции поручил севильскому архиепископу Иньиго Манрикесу. Несколько месяцев спустя, он назначил великим ген. инквизитором Кастилии и Арагона Торквемаду, который и завершил дело преобразования испанской инквизиции.
Инквизиционный трибунал сперва состоял из председателя, 2 юристов-ассесоров и 3 королевских советников. Эта организация скоро оказалась недостаточной и взамен её создана была целая система инквизиционных учреждений: центральный инквизиционный совет и 4 местных трибунала, число которых потом было увеличено до 10. Имущество, конфискованное у еретиков, составляло фонд, из которого черпались средства для содержания инквизиционных трибуналов и который, вместе с тем, служил источником обогащения папской и королевской казны. В 1484 году Торквемада назначил в Севилье общий съезд всех членов испанских инквизиционных трибуналов, и здесь был выработан кодекс, регулировавший инквизиционный процесс.
С тех пор дело очищения Испании от еретиков и нехристиан стало быстро подвигаться вперед, особенно после 1492 года, когда Торквемаде удалось добиться у католических королей изгнания из Испании евреев. Результаты истребительной деятельности испанской инквизиции при Торквемаде, в период от 1481 года до 1498 года, выражаются следующими цифрами: около 8 800 человек было сожжено на костре; 90 000 человек подверглось конфискации имущества и церковным наказаниям; кроме того были сожжены изображения, в виде чучел или портретов; 6 500 человек, спасшихся от казни посредством бегства или смерти.
В Кастилии инквизиция пользовалась популярностью среди фанатичной толпы, с удовольствием сбегавшейся на аутодафе, а Торквемада до самой смерти встречал всеобщий почёт. Но в Арагоне действия инквизиции неоднократно вызывала взрывы народного негодования; во время одного из них Педро Арбуэс, председатель инквизиционного суда в Сарагосе, не уступавший в жестокости Торквемаде, был убит в церкви, в 1485 г. Преемники Торквемады, Диего-Деса и особенно Химéнес де Сиснéрос, архиепископ толедский и духовник Изабеллы, закончили дело религиозного объединения Испании.
Несколько лет спустя после отвоевания Гранады, мавры подверглись гонениям за веру, несмотря на обеспечение за ними религиозной свободы условиями капитуляционного договора 1491 года. В 1502 году им было предписано либо креститься, либо оставить Испанию. Часть мавров покинула родину, большинство крестилось; однако, крестившиеся мавры не избавились от преследований и, наконец, были изгнаны из Испании Филиппом III, в 1609 году. Изгнание евреев, мавров и морисков, составлявших более 3 миллионов населения, нанесло серьёзный удар по экономике Испании. В течение 70 лет население Испании упало с 10 миллионов до 6.
Хименес де Сиснерос уничтожил последние остатки епископской оппозиции. Испанская инквизиция проникла в Нидерланды и Португалию и послужила образцом для итальянских и французских инквизиторов. В Нидерландах она установлена была Карлом V, в 1522 году, и была причиной отпадения северных Нидерландов от Испании, при Филиппе II. В Португалии инквизиция введена была в 1536 году и отсюда распространилась на португальские колонии в Ост-Индии, где центром её был Гоа.