Несогласные впервые встретились в окрестностях лондонского замка Бейнерд, чтобы обсудить возможность переворота
29 сентября 1553 года Мария приняла в орден Бани группу новых кавалеров, включая Кортни и Генри Невилла, лорда Абергавенни, а 1 октября короновалась в Вестминстерском аббатстве.
К этому времени казна королевства опустела, и Марии пришлось всерьёз задуматься о внешних займах. По мнению Дэвида Лодса, Мария осознавала свою неспособность управлять страной и в трудную минуту опиралась в первую очередь на своих родственников по материнской линии — испанских Габсбургов, которых представлял в Лондоне посол Симон Ренар.
Под влиянием Ренара королева отказалась от брака с Кортни в пользу испанца Филиппа II. 23 октября Мария, не называя имени Филиппа, разъяснила своё решение вельможам и епископам, просившим её о браке с Кортни: государству и королеве нужен не брак с англичанином, но династический союз с мощной дружественной державой. 16 ноября депутаты Палаты общин обратились к Марии с петицией в пользу брака с соотечественником и получили жёсткий отказ. Слухи о предстоящем браке с Филиппом просочились из дворца на улицы, взбудоражив лондонскую чернь и дворянскую оппозицию. Народ не доверял испанцам, дворяне-протестанты обоснованно опасались католической реакции.
По мнению Лодса, мятеж зародился именно в среде парламентариев, несогласных с выбором королевы. Ядро заговора составили депутаты Николас Арнолд, Питер Керью, Джеймс Крофт, Уильям Пикеринг, Эдвард Робертс, Томас Уайетт и Джордж Харпер, а также Уильям Уинтер и Уильям Томас. Арнолд, Крофт, Керью, Уайетт были крупными землевладельцами, Пикеринг — послом во Франции во времена Джона Дадли, Уинтер служил контролёром флота, Томас — клерком Тайного Совета. Керью, Пикеринг, Томас и Уайетт были протестантами, другие заговорщики не имели явных религиозных убеждений. Все, кроме Томаса, принадлежали к высшему классу английского общества, но влиятельных вельмож и военачальников среди них не было. Крупнейшие деятели времён Генриха VIII и Эдуарда, дожившие до ноября 1553 года, благоразумно предпочли остаться в тени: к заговору примкнул только Генри Грей, отец Джейн Грей.
26 ноября 1553 года несогласные впервые встретились в окрестностях лондонского замка Бейнерд, чтобы обсудить возможность переворота. Уильям Томас, который, возможно, и организовал эту встречу, настаивал на убийстве Марии, но большинство заговорщиков высказались за сохранение ей жизни. Место Томаса во главе заговора перешло к Джеймсу Крофту. К 22 декабря определилась тактика восстания. Мятеж должен был вспыхнуть на Пасху, 18 марта 1554 года, одновременно в четырёх местах: Крофт отвечал за возмущение в Хартфордшире, Генри Грей — в Лестершире, Уайетт — в Кенте, Керью с поддержкой Кортни — в Девоне.
Именно Девон — родина Кортни и вероятный плацдарм высадки испанцев — считался первоочередной целью. Кортни был посвящён в заговор, но не принял в нём активного участия. По мнению биографа Кортни Джеймса Тейлора, проживший половину жизни в тюремной камере Кортни вряд ли рискнул бы своей долгожданной свободой. Ни Уайетт, ни его ближайшие сторонники не сказали на допросах и слова против Кортни и Елизаветы. Лишь Николас Трокмортон дал показания о том, что Кортни якобы должен был сопровождать Трокмортона в поездке к Керью с целью начать мятеж в Девоне и Корнуолле. Имелись и косвенные свидетельства тому, что незадолго до восстания Кортни бывал в местах, где он мог бы встречаться с Уайеттом — но ничего определённого.
Точная цель заговора остаётся неизвестной. На суде заговорщики клялись, что их единственной целью было принуждение Марии к отказу от брака с Филиппом. Ренар и епископ Стефан Гардинер считали, что заговорщики планировали передать корону Елизавете. Гардинер полагал, что заговорщики намеревались восстановить эдуардовскую политику в делах религии — что подразумевало низложение католички Марии. Ренар утверждал, что реальным двигателем заговора был французский двор, а Елизавета сознательно выполняла французские инструкции. Заговорщики действительно использовали имя Елизаветы в агитации, посылали ей письма-воззвания, но сама Елизавета в заговоре не участвовала и не сделала ничего, что могло бы скомпрометировать её.
Согласно наиболее распространённой современной трактовке, заговорщики решили силой отстранить Марию от власти, передать корону Елизавете и выдать её замуж за Кортни, тем самым восстановив в стране протестантизм времён Эдварда VI. Менее вероятно, что они собирались вернуть корону Джейн Грей. Значение религиозного фактора может быть оценено лишь приблизительно, так как мятежники намеренно избегали твёрдых заявлений по вопросам веры. Уайетт инструктировал своих сторонников:
Вы не должны даже упоминать религию, ибо это отвратит от нас сердца многих.
Мотивы заговорщиков также не вполне ясны: заговор объединил людей разного общественного положения, с разными интересами. Землевладельцы, занявшие бывшие монастырские земли, опасались реституции своих владений католической церковью. Многие предполагали, что Филипп ввергнет Англию в разорительные войны в интересах Габсбургов. Массы ремесленников, примкнувших к восстанию, страдали от начавшегося в 1551 году кризиса лёгкой промышленности, но невозможно выделить какой-либо цех, который бы существенно выиграл в случае победы мятежников.
Те же классы общества выступали и на стороне Марии; Лодс указывает на «замечательное сходство» биографий и общественного положения главы заговора Томаса Уайетта и его непримиримого противника — шерифа графства Кент Роберта Саутвелла. По мнению Лодса, восстание Уайетта в Кенте, в отличие от крестьянских восстаний, не имело классовой составляющей: во время похода на Лондон мятежники-простолюдины не разграбили по своей воле ни одного господского поместья.