Муним-хан, командующий могольской армии, занял Танду, столицу последнего афганского правителя Бенгалии Дауд-хана Каррани

Согласно системе взимания земельного налога Тодар Мала, в 1582 году Бенгальская суба делилась на 24 саркара, которые включали 19 саркар собственно Бенгалии и 5 саркар Ориссы.

В 1607 году во время правления Джахангира Орисса стала отдельной субой. 19 саркар же были позднее разделены на 682 парганы. В 1658 году, после реформы системы земельного налогообложения Шаха Шуджи, были добавлены 15 новых саркар и 361 новая паргана. В 1722 году Муршид Кули-хан разделил всю субу на 13 чакал, которые позднее были разделены на 1660 парган.

Изначально столицей субы была Танда. 9 ноября 1595 новой столицей стал Раджмахал благодаря Ман Сингху I, который переименовал его в Акбарнагар. В 1610 году столица была перенесена из Раджмахала в Дакку и переименована в Джахангирнагар.

В 1639 году Шах Шуджа снова перенёс столицу в Раджмахал. В 1660 году Муаззам-хан снова перенёс столицу в Дакку. В 1703 году Муршид Кули-хан, затем дивани Бенгалии и будущий наваб Бенгалии, перенёс своё ведомство из Дакки в Максудабад и позже переименовал его в Муршидабад.

В 1713 году Муршид Кули-хан получил должность наиб назима Бенгалии. В 1717 году он стал её субадаром, или назимом, и Бенгалия стала полностью независимой от имперского контроля. Вслед за поражением последнего независимого субадара Бенгалии Сирадж уд-Даулы в битве при Плесси 23 июня 1757 года и его смертью 2 июля 1757 года Бенгалия перешла под контроль Британской Ост-Индской компании. Преемники Сирадж уд-Даулы были просто марионетками в руках Ост-Индской компании.