В соборе Святого Петра в Риме папа Гонорий III короновал Фридриха императорской короной

В сентябре 1211 года германские князья провозгласили императором Фридриха. В 1212 году Фридрих II с согласия своего сюзерена папы Иннокентия III вступил в борьбу с императором Оттоном IV Вельфом.
Поскольку папа желал предотвратить возможность объединения имперской и сицилийской корон, Фридрих II был вынужден отказаться от Сицилии в пользу малолетнего сына Генриха. В феврале 1212 года Генрих был провозглашён королём Сицилии, его мать Констанция Арагонская стала регентшей королевства, а Фридрих II отправился в Германию.

После победы над своим противниками в Германии, коронации германской короной в Ахене и низложения Оттона IV на Четвёртом Латеранском соборе Фридрих II счёл себя достаточно сильным, чтобы нарушить условие о раздельном управлении империей и Сицилией. В 1217 году малолетний Генрих был привезён по приказу отца в Германию, а Фридрих II, не отказываясь от Германии и желая императорской коронации, вновь стал именоваться королём Сицилии. В Германии Генрих получил титулы герцога Швабии и ректора Бургундии.

20—26 апреля 1220 года Фридрих II собрал съезд имперского дворянства и духовенства во Франкфурте-на-Майне. Приняв ранее обет крестоносца, Фридрих II потребовал о собравшихся обеспечить преемственность власти на случай его смерти на Востоке и избрать Генриха королём Германии. Фридриху II удалось добиться избрания Генриха только благодаря значительным уступкам имперскому духовенству.

Папа Гонорий III отказался признать избрание Генриха на германский престол. Первый серьёзный конфликт между Фридрихом II и папством был разрешён в ноябре 1220 года: папа короновал Фридриха II в качестве императора, признал Генриха королём Германии, а взамен Генрих был окончательно лишён наследственных прав на Сицилийское королевство.