Обнародован декрет Exultate Deo об унии с Армянской апостольской церковью
С гибелью Византии на её бывших территориях начинается широкая деятельность католических миссионеров. Рост активности Римско-католической церкви шёл одновременно с укреплением экономических связей Османской империи с Европой в XVII—XVIII веках. В Константинополе, где пересекались политические интересы Востока и Запада, европейские посольства и католические миссионеры из орденов доминиканцев, францисканцев и иезуитов развернули активную миссионерскую деятельность среди армянской общины.
ААЦ в целом занимала резко негативную позицию по отношению к миссионерской деятельности Рима среди армян. Тем не менее, эта деятельность давала свои плоды — начали появляться отдельные армянские католические общины, а в начале XVIII века армянские епископы Алеппо и Мардина открыто высказывались в пользу перехода в католичество.
В XVIII веке большое влияние среди армян, сотрудничавших с католиками, приобрёл католический монашеский орден антонитов. Общины антонитов на Ближнем Востоке формировались из представителей Древневосточных церквей, перешедших в католичество, в том числе из ААЦ. Орден армянских антонитов был основан в 1715 году, и его статус утверждён папой Климентом XIII. К концу XVIII века большинство епископата Армянской католической церкви принадлежали к этому ордену.
С течением времени разбросанные, но численно растущие армянские католические общины стали испрашивать для себя церковной иерархии и собственного патриарха. В результате влияния католиков, среди армянского духовенства в Османской империи произошёл раскол — несколько епископов ААЦ приняли католичество и при посредничестве французского правительства и папства отделились от Армянской церкви.
В 1742 году Бенедикт XIV утвердил бывшего епископа ААЦ Аврама Ардзивяна католическим патриархом Киликийской Армении с резиденцией в Ливане и юрисдикцией над армяно-католиками в южных провинциях Османской империи. Армяне, жившие на севере, окормлялись латинским апостолическим викарием в Константинополе. Новый патриарх стал именовать себя Авраам Пётр I, и все, кто наследовал ему, также вводили в свой церковный титул имя Петрос.
Политико-административная система турок предоставляла национальным меньшинствам административную автономию под управлением религиозных лидеров, в результате все армяне-католики оказались под гражданским управлением Константинопольского патриарха ААЦ. Это привело к целому ряду трудностей для армян-католиков и даже к гонениям, продолжавшимся до 1829 года, когда под давлением Франции турецкое правительство позволило им организоваться в виде отдельной административной единицы со своим архиепископом в Константинополе. В 1846 году этот архиепископ был наделён правами гражданского управления.
Ненормальное положение вещей, при котором архиепископ в Константинополе представлял гражданскую и церковную власть, а патриарх — духовный лидер Церкви — находился в Ливане, было устранено в 1867 году, когда Пий IX объединил два престола и перевёл резиденцию патриарха в Константинополь.
Учинённая в конце Первой мировой войны турками резня нанесла жестокий урон армянской католической общине: погибли 7 епископов, 130 священников, 47 монахинь и более 100000 мирян. В связи с резким уменьшением армянской общины в Турции, армяно-католический синод, собравшийся в Риме в 1928 году, постановил вновь перенести патриархат в Ливан, а Константинополю дать статус архиепархии.