Новгородский архиепископ Феофил был заточен в Чудов монастырь
Но не вдруг мог забыть Новгород свой прежний быт, и противная Москве сторона ждала только первого удобного случая, чтоб снова подняться.
Этот удобный случай не замедлил представиться, когда в 1477 году хан Золотой Орды в союзе с Казимиром литовским начал грозить Москве нашествием и когда братья великого князя хотели также воспользоваться этим случаем для возвращения себе старых удельных прав. Иоанну дали тайно знать, что многие новгородцы пересылаются с Казимиром, зовут его к себе, пересылаются и с немцами, король обещал явиться с полками и послал, с одной стороны, к хану Золотой Орды звать его на Москву, а с другой - к папе с просьбою о денежном вспоможении для успеха в деле, которое неминуемо повлечет за собою присоединение важной области к римской церкви.
Папа назначил на военные издержки сбор со всех церквей польских и литовских. Иоанн хотел предупредить Казимира и застать врасплох новгородцев: взяв с собою только тысячу человек, он отправился 26 октября к Новгороду миром, а между тем под предлогом войны с немцами велел сыну набирать войска и спешить за собою следом; заставы были расставлены повсюду, дабы в Новгороде не узнали о наборе и приближении многочисленной рати. Несмотря на то, в Бронницах он получил весть, что новгородцы затворились и не намерены пускать его миром.
Тогда Иоанн дождался полков своих и приступил к городу, в котором по-прежнему имел многочисленных приверженцев: они не хотели биться и перебегали к москвичам; архиепископ послал за опасною грамотою, но Иоанн отвечал:
Я сам опас для невинных и государь ваш; отворите ворота: когда войду в город, невинных ничем не оскорблю.
А между тем разрушительная стрельба из пушек не прекращалась. Наконец ворота отворились, и владыка, посадник, тысяцкий, старосты пяти концов, бояре и народ вышли навстречу к великому князю, пали ниц и просили прощения. Иоанн благословился у архиепископа и сказал во всеуслышание:
Я, государь ваш, даю мир всем невинным, не бойтесь ничего!
И отправился по обычаю к св. Софии, а потом в дом Ефима Медведева, нового посадника, где и остановился. В тот же день 50 человек главных врагов Москвы были захвачены и пытаны. Тут только великий князь узнал об участии владыки в заговоре и о сношениях братьев своих с новгородцами. Феофил был взят и отослан в московский Чудов монастырь под стражу, богатство его отобрано в казну; 100 главных заговорщиков подверглись смертной казни. 100 семей детей боярских и купцов разосланы по низовым городам.
Но и этим дело не кончилось: в 1481 году схвачены были четверо новгородских бояр; вражда сторон продолжалась, и следствием было то, что в 1484 году сами же новгородцы прислали донос в Москву, что некоторые из их сограждан пересылались с королем; по этому доносу человек тридцать больших и житых людей было схвачено, дома их разграблены, сами подвергнуты пытке; когда их приговорили к смертной казни, то перед виселицею стали они прощаться друг с другом и каяться, что напрасно клепали друг друга на пытке. Услыхав об этом, великий князь не велел их вешать, но велел сковать и посадить в тюрьму, а жен и детей их послать в заточение.