В Дижоне при посредничестве герцога Бургундии Гуго III, а также архиепископа Безансона и епископа Лангра, был заключён мир
В 1204 году умер герцог Бертольд. Его владения были разделены между сыновьями. Оттон, старший из сыновей, получил родовые владения в Восточной Франконии, а также титул герцога Меранского. Также он упоминается как граф Виндберга, однако уже в 1207 году он продал его епископу Пассау за 1000 марок серебра.
В это время в Священной Римской империи шла борьба за императорский престол между двумя кандидатами — Филиппом Швабским и Оттоном Брауншвейгским, однако после 1204 года перевес склонился на сторону Филиппа. Герцоги Меранские считались сторонниками Гогеншауфенов.
Под опекой короля Филиппа Швабского находилась несовершеннолетняя племянница Беатрис, вторая дочь умершего в 1200 году пфальцграфа Бургундии Оттона I. После смерти в 1205 году старшей сестры, она получила графство Бургундия. Для управления графством Филиппу был нужен верный союзник, за которого он мог выдать замуж племянницу. Выбор пал на Оттона I Меранского. Свадьба происходила 21 июня 1208 года в Бамберге, епископом которого был брат Оттона Экберт. В свадебных торжествах принимал участие и король. Однако во время празднования король Филипп был заколот в епископском дворце пфальцграфом Баварии Оттоном VIII Виттельсбахом. Причиной этому послужило то, что Филипп обещал Оттону Баварскому руку своей дочери, но обещания не сдержал. В убийстве оказался замешан и маркграф Истрии Генрих, брат Оттона Меранского.
Правителем империи в итоге стал Оттон Брауншвейгский. К расследованию убийства подключился папа римский Иннокентий III. 11 ноября состоялся рейхстаг в Франкфурте. Убийца Филиппа, баварский пфальцграф Оттон, который бежал сразу же после убийства, был приговорён к изгнанию из империи, епископ Бамберга Экберт и маркграф Истрии были приговорены к лишению своих ленов. В расследовании убийства Филиппа активное участие принимал герцог Баварии Людвиг I, который извлёк для себя наибольшую выгоду, получив конфискованные у убийцы Филиппа лены, а также и лены в Истрии и в Баварии, конфискованные у Андексской династии. Однако уже в январе 1209 года папа Иннокентий III оспорил решение рейхстага, начав новое расследования. Тогда же Людвиг по требованию патриарха Аквилеи Вольфгера был вынужден отказаться от Истрии. А баварский пфальцграф Оттон в том же 1209 году был пойман и обезглавлен.
Оттон Меранский, в отличие от братьев, не был заподозрен в причастности к убийству. Он признал Оттона Брауншвейгского правителем империи и сопровождал его в 1209 году Рим на коронацию. Оттуда он в октябре отправился в Бургундское графство, чтобы утвердить своё право наследования.
В графстве Бургундия Оттон сразу же вступил в конфликт с графом Осона Этьеном III, который желал женить на Беатрис своего сына Жана и вернуть графство своей семье. Этот конфликт продолжался до 1211 года. Только 18 октября 1211 года в Дижоне при посредничестве герцога Бургундии Гуго III, а также архиепископа Безансона и епископа Лангра, был заключён мир.
Из Бургундии Оттон отправился в Германию, где в сентябре 1211 года в Нюрнберге рядом имперских князей, недовольных правлением Оттона Брауншвейгского, был провозглашён королём Фридрих II Гогенштауфен, король Сицилии, сын покойного императора Генриха VI и двоюродный брат жены Оттона Меранского. Выбор Фридриха был поддержан папой Иннокентием III, который в 1210 году отлучил Оттона Брауншвейгского. Неудивительно, что Оттон поддержал нового короля. 5 декабря 1212 года во Франкфурте избрание Фридриха II было подтверждено на съезде имперских князей, а 9 декабря в Майнце он был коронован.