Колумб отправил в Испанию четыре корабля со 150 жемчугами и 100 пленных индейских воинов, назначенных для продажи в рабство
Кроме того, он написал и отправил описание своего последнего путешествия и историю возмущения поселенцев, а затем просил о присылке денег, съестных припасов, оружия и пороха,
скромных колонистов вместо прежних лентяев и преступников, судей и монахов, как для обучения и обращения индейцев, так и для того, чтобы снова приучить к исповеди и обедне одичавших испанцев.
Но на тех же судах ехали сообщники Ролдана, имевшие немало друзей в Испании, в которой у Колумба было много завистников и недругов.
Прежде всего Колумбу необходимо было умиротворить колонию. После долгих переговоров состоялось наконец соглашение с мятежными испанцами, по которому они получили не только полное прощение, но, кроме того, участки земли в ленное владение с определенным числом индейцев для возделывания их.
Однако Колумб намеревался, как он сам писал королю, при первой же возможности нарушить этот вынужденный договор. Случая этого не пришлось долго ждать. Ролдан поссорился со своими прежними сообщниками, не пожелавшими признать его своим верховным судьей, арестовал некоторых из них и выдал Колумбу. Колумб решил отплатить им теперь за прошлое и приказал их повесить.
Между тем в Испании над Колумбом собиралась гроза. К неудовольствию на большие расходы по колонии присоединились жалобы на суровость и жестокость правителя. Толпы вернувшихся на родину поселенцев, на лицах которых ясно виднелись следы испытанных лишений и трудов, собирались на роскошном дворе Альгамбры в Гранаде, показывали королю свои лохмотья и кричали: «Вот награда за наши труды!» Они называли вестиндские земли могилой Испании, а Колумба — виновником всего бедствия.
Подозрительный Фердинанд давно уже был недоволен Колумбом, а покровительница его, Изабелла, была сильно возмущена, когда снова прибыл целый транспорт индейцев для продажи в рабство. «Кто уполномочил адмирала продавать моих подданных в рабство!»—воскликнула она и приказала тотчас отправить их на родину. Монархи не без основания решили, что Колумб не способен управлять страной, к тому же он сам просил выслать судью и этим давал удобный предлог подвергнуть себя следствию.
Выбор пал на небогатого дворянина Франциска де Бобадилья, которому и даны были исключительные полномочия. По королевскому декрету он имел право арестовывать и отсылать в Испанию всякого нарушителя порядка; власть над всеми городами переходила в его руки, а Колумбу, которого этот приказ называл только адмиралом, но не вицекоролем, вменено было в обязанность оказывать Бобадилье полное доверие, выслушать от него волю монархов и затем подчиниться указаниям Бобадильи.
Целый год это полномочие не приводилось в исполнение, так как Бобадилья не получал средств для снаряжения кораблей.