Фернандо Альварес де Толедо попросил короля об увольнении
Неизгладимое, но вместе с тем и самое кровавое, воспоминание о себе Альба оставил своим наместничеством в Нидерландах. Когда он с небольшим, но отборным войском прибыл из Испании в эту страну для укрепления католической религии и монархии короля Филиппа II, революция, начавшаяся в Нидерландах в 1566 году, уже близилась к концу.
Тирания Альбы снова раздула её, стоила Испании огромного количества золота и крови и все-таки закончилась потерей двух богатейших провинций.
Альба приехал с инструкцией Филиппа, которая повелевала, захватив почётнейших граждан страны, отправить их на смертную казнь, конфисковать в казну их имущество и поддерживать католическую веру во всей строгости. Смерть принца Оранского, Эгмонта, Горна и других была заранее решена. Но из трёх вождей Альбе удалось завлечь в свои сети только Эгмонта и Горна и 9 сентября 1567 года арестовать их. Судилище называлось «советом о беспорядках», а от народа получило название «Кровавого совета» и под цинически грубым руководством Варгаса оправдывало это прозвище.
В течение трёх месяцев Альба послал на эшафот до 1800 человек; тот, кого привлекали к следствию, был фактически уже осуждён; малейшего подозрения, даже клеветы со стороны врага было для этого достаточно; а более снисходительного приговора, чем смертная казнь и конфискация имущества, суд не выносил. Оранские принцы Вильгельм и Людвиг также были приглашены на суд, но, проявив благоразумие, не явились. Напротив, весною 1568 года они начали из Германии войну. Вначале, однако, они лишь ухудшили ужасное положение своей страны.
Победа, одержанная Людвигом в апреле 1568 года, побудила Альбу казнить Эгмонта, Горна и других знатных лиц, и он отплатил за победу Людвига двумя победами и весьма искусными операциями против Вильгельма, которого с незначительными потерями совершенно вытеснил из страны в октябре 1568 года.
Затем в Нидерландах опять началась кровавая расправа; число казней вскоре достигло нескольких тысяч, было конфисковано имущества на 30 миллионов талеров, торговля и промышленность остановились, сотни тысяч людей спасались бегством за границу. После этого начались притеснения с помощью новых налогов: в марте 1569 года государственные чины в Брюсселе должны были дать своё согласие на три декрета, которыми был установлен сбор 1 процента со всего движимого и недвижимого имущества, 5 % с продажи земельной собственности и 10 % с цены любого проданного товара. Этими декретами была остановлена промышленность и политическая катастрофа стала неизбежна. Её не могло предотвратить нечто вроде амнистии, обнародованной 4 июля 1570 года, хотя при этом все эдикты остались в силе, а когда 31 июля 1571 года была предпринята попытка произвести сбор налогов в 20 и 10 пфеннигов, все лавки закрылись; не было ни купли, ни продажи, прекратились всякая работа и всякое промышленное движение.
Катастрофа разразилась весной 1572 года, когда партизаны-гёзы овладели большей частью Зеландии и Голландии. Из Франции и Германии им на помощь спешили с новыми силами Людвиг и Вильгельм. Альба по-прежнему оставался победителем в сухопутных сражениях, но по прошествии года кровавых расправ и бесплодных побед и он лишился надежды достигнуть своих целей. Ввиду отсутствия флота и должного финансирования, а также интриг принца Эболи он попросил короля об увольнении, после чего вернулся в Испанию.
По прибытии в Испанию герцог уже не пользовался доверием своего государя, которому были не по душе ни слухи об учинённых им кровавых расправах, ни его сословная спесь. Много проблем доставил престарелому генералу тайный брак его сына с кузиной, дочерью вице-короля Сицилии. Дело в том, что королевская семья уже давно определила ему в жёны фрейлину Магдалену Гусман. За прекословие королевской воле герцог Альба был удалён от двора, а его сына заточили в неприступной крепости Ла-Мота.
В 1580 году по совету кардинала Гранвелы король назначил Альбу командовать испанской армией в войне за португальское наследство. Всего за несколько недель война была закончена и пал Лиссабон, однако португальцам эта кампания запомнилась прежде всего неслыханной жестокостью захватчиков. Альба ненадолго пережил свой последний триумф: через 2 года он умер в Лиссабоне.