В Москву прибыло для заключения нового договора «великое посольство»: воевода троцкий и маршалок земский Пётр Янович, староста жмудский Станислав Янович Кезгайло, Войтко Янович Клочко и писарь Федько Григорьевич

Переговоры начались 23 января и проходили по 1 февраля. С русской стороны переговорщиков возглавлял сначала князь Василий Иванович Косой Патрикеев, затем князь Иван Юрьевич Патрикеев.

Литовская сторона потребовала возвращения к границам «докончания» 1449 года, учитывавшего положение, сложившееся при Витовте и Сигизмунде, взамен отказываясь от притязаний на Новгород, Псков и Тверь и на «Ржевскую дань». В ответ русская сторона потребовала возвращения к положению, сложившемуся при великих князьях Семёне Ивановиче и Иване Ивановиче и при Ольгерде.

В ходе последовавших переговоров русские бояре добились уступки некоторых приграничных волостей, которые они объявили боровскими, медынскими и можайскими. Литовцы уступили владения Новосильских и Вяземских князей, города Перемышль и Серенск с их волостьми.

Мезецкие князья должны были служить тому, кому теперь служат, и их владения соответственным образом делились. Остальные земли должны были быть возвращены Литве. Новгородская граница с Литвой должна была пройти по старому рубежу. Литва отказывалась от притязаний на «Ржевскую дань».

2 февраля состоялось сватовство великого князя литовского Александра Казимировича на дочери великого князя всея Руси Ивана III Елене. 5 февраля 1494 года был составлен, а 7 февраля заключён договор между двумя великими княжествами.

Договор предусматривал союз против всех врагов, но военная помощь при этом была необязательной. Теперь запрещалось принимать служилых князей вместе с отчинами. В новом договоре Иван III употребил свой титул «государь всея Руси». Более точно, чем в договоре 1449 года, была определена граница — указывались некоторые пограничные города и волости.