Папа Пий IV утвердил правила босых кармелиток, одобренные также генеральным приором ордена, Джованни Баттиста Росси

21 октября 1564 года в монастыре Святого Иосифа в Авиле, Тереса де Аумада-и-Сепеда принесла монашеские обеты, приняв имя Терезы Иисуса, а 13 июля 1571 года она официально отказалась от прежнего устава с послаблениями и приняла реформированное правило, став, таким образом, первой босой кармелиткой.

С 1567 по 1582 год Тереза Иисуса основала 17 реформированных монастырей в Испании. 1 ноября 1571 года в университетском городе Алькала-де-Энарес ею был открыт знаменитый Колледж Святого Кирилла, ставший важным центром обучения для мужской ветви реформированных кармелитов, основанной ею вместе с Иоанном Креста.

Начавшаяся реформа не была принята среди кармелитов однозначно; «обутые» обвиняли «босых» в непослушании и смуте. 22 июня 1580 года Папа Григорий XIII издал бреве Pia consideratione, в котором закрепил каноническое разделение кармелитов и присвоил босым кармелитам статус автономной провинции в рамках ордена. Только спустя пять лет после смерти Терезы Иисуса, 4 октября 1582 года, в монастыре Альба-де-Тормес в Испании, в 1587 году Папа Сикст V выделил босых кармелитов и кармелиток в отдельную конгрегацию.

20 марта 1597 года Папа Климент VIII буллой Sacrarum Religionum преобразовал конгрегацию в отдельный орден, женская ветвь которого получила название Монахинь Ордена Босых Кармелитов. Новый орден также получил статус нищенствующего, и сегодня существует два ордена кармелитов : босых и обутых. В том же году первые реформированные монастыри появились за границами Испании, в Италии.