Луис Понсе де Леон отстранил Кортеса от должности губернатора и взял на себя руководство Новой Испанией
После падения Теночтитлана и захвата последнего ацтекского императора Куаутемока, 13 августа 1521 года империя ацтеков исчезла, став частью Испанской монархии. Успешное завоевание империи ацтеков способствовали возвышению статуса Эрнана Кортеса.
15 октября 1522 года он был назначен губернатором и капитан-генералом Новой Испании. Эрнан Кортес лично управлял вновь завоеванными землями в Мексике до 1524 года, когда он отправился в Гондурас, в поход против мятежного конкистадора Кристобаля де Олида, который объявил о своей независимости от Испании и утверждал, что завоёванный им Гондурас принадлежит ему.
По его возвращения в Мехико в 1526 году Кортес обнаружил, что его враги: епископ Фонсека, президент Совета Индий и Диего Веласкес де Куэльяр, губернатор Кубы, убедили короля начать судебное расследование против него. Луис Понсе де Леон отстранил Кортеса от должности губернатора 16 июля 1526 года и взял на себя руководство Новой Испанией. Понсе де Леон скончался вскоре после своей прибытия в Мексику, его преемником стал Маркос де Агильяр, который также умер вскоре после вступления в должность. Эрнан Кортес был обвинен своими противниками в отравлении обоих преемников, решил вернуться в Испанию, чтобы обратиться к правосудию короля.
В 1528 году Кортес прибыл в Испанию, где он предстал с большим великолепием перед судом Карла V, отвечая прямолинейно на обвинения своих врагов. Эрнан Кортес получил королевское прощение, ему был пожалован титул маркиза долины Оахака. Он также стал кавалером Ордена Сантьяго и почетного звания капитана генерала Новой Испании и побережья Южного моря, но не был восстановлен в должности губернатора Новой Испании, как он хотел. В том же 1529 году Кортес женился на испанской дворянке донье Хуане де Суньига, от брака с которой у него было четверо детей, в том числе его единственный законный сын, дон Мартин Кортес и Суньига, который и унаследовал титул маркиза после смерти своего отца в 1547 году.
27 июля 1529 года Эрнан Кортес получил новый королевский указ с разрешением создания наследственного маркизата в Новой Испании. Майорат был официально учрежден 9 января 1535 года, его могли наследовать только мужские потомки Кортеса. Земли Кортеса в сумме составили около 7 000 000 гектаров, будучи географически разделены на 7 частей. Он получал огромные владения в долине Мехико, в том числе Койоакан, а также несколько кварталов в Мехико.