Сицилийский парламент в Катании провозгласил Федериго королём
18 июня 1291 года король Арагона Альфонсо III неожиданно умер. Детей Альфонсо не оставил, в результате королём Арагона, Валенсии и Майорки стал Хайме. Согласно завещанию брата, Хайме должен был передать сицилийскую корону младшему брату, Федериго, однако он отказался выполнять завещание, желая сохранить за собой и Сицилию.
Оставив Федериго своим наместником в Сицилии, в июле Хайме отправился в Барселону, где и был коронован как король Арагона и Валенсии под именем Хайме II. Вскоре он отказался отдавать Балеарские острова Хайме II Майоркскому, объявив их неотъемлемой частью Арагонского королевства. В результате папа Николай снова отлучил от церкви Хайме, что должно было привести к возобновлению войны.
Однако вскоре Хайме был вынужден вновь начать мирные переговоры, будучи готов передать Сицилию Карлу II за вознаграждение. А 4 апреля 1292 года умер папа Николай, его преемник был выбран только через 2 года, что затормозило переговоры. Карл II, заинтересованный в возвращении Сицилии и освобождении сыновей, бывших заложниками при Арагонском дворе, при посредничестве короля Кастилии Санчо IV в конце 1293 года договорился о перемирии с Хайме, а также делал заманчивые предложения первым лицам Сицилийского королевства и инфанту Федериго. Новый папа, Целестин V был ставленником Карла, поддерживая все его предложения.
Однако в декабре 1294 года папа Целестин отрёкся от папского престола, а выбранный вскоре Бонифаций VIII хотя и был в плохих отношениях с Карлом, но поддержал проект мирного договора с Хайме. В итоге 12 июня 1295 года был подписан Ананьиский договор, по которому Хайме передавал Сицилию и Калабрию папскому престолу, возвращал Балеарские острова Хайме II Майоркскому в обмен на Сардинию, кроме того король Майорки признавался вассалом короля Арагона. Также Хайме освобождал из заключения сыновей Карла. В обмен папа давал огромное приданое за дочерью Карла, Бланкой, которая должна была выйти замуж за Хайме, а брат Хайме — инфант Федериго — должен был получить руку племянницы Карла, Екатерины де Куртене, носившей громкий титул императрицы Латинской империи. Кроме того с Хайме и Федериго снималось отлучение.
Однако условия договора, заключенного за их спиной и отдающего их под власть французов, не устроили сицилийцев и Федериго, тем более что Екатерина де Куртене отказалась выходить замуж за безземельного принца. Федериго при поддержке сицилийских сословий отверг договор Ананьи, и 12 декабря 1295 года принял титул правителя Сицилии. 15 января 1296 года сицилийский парламент в Катании провозгласил Федериго королём. 25 марта 1296 года он был коронован в соборе Палермо.
Хайме отказался поддержать брата. Более того, он принял участие в начавшейся в 1298 году войне против Федериго, которая продолжалась с переменным успехом. При этом на стороне Хайме выступали и герои предыдущей войны — Джованни Прочида и Руджеро Лауриа, перешедшие в итоге на службу к Карлу II. В июле 1299 года Хайме разбил флот Федериго в сражении у мыса Орландо, а сыновья Карла II — Роберт и Филипп — высадились на Сицилии и взяли Катанию. Однако уже в сентябре 1299 года Хайме вернулся в Испанию и в дальнейшем в военных действиях против брата участия не принимал.
Федериго с 1296 года успешно воевал в Калабрии, а когда Роберт после взятия Катании двинулся на Трапани — разбил его в сражении у Фальконарии. Однако в июне 1300 года Руджеро Лауриа разбил сицилийский флот в сражении у острова Понца и взял в плен самого Федериго.
В 1302 году по приказу папы Бонифация Карл Валуа прибыл в Италию, отвоевал Калабрию и высадился на Сицилии, но его армия была поражена чумой, и ему пришлось просить мира. В итоге 31 августа 1302 года был подписан Кальтабеллотский договор, по которому признавалась власть Федериго над Сицилией, но только до его смерти. При этом папа Бонифаций VIII настоял на том, чтобы титул Федериго звучал как «король Тринакрии».