После безрезультатных переговоров Иннокентий III наложил на Францию интердикт
14 августа 1193 года в соборе Амьенской Богоматери Ингеборга сочеталась браком с королём Филиппом II Августом, вдовцом после смерти Изабеллы де Эно. По неизвестным причинам на следующий день после первой брачной ночи король изгнал её, не консумировав брак.
Он предложил датским послам увезти Ингеборгу с собой в Данию, но те отказались её забрать. Поскольку Филиппу Августу нужны были сыновья, 5 ноября 1193 года на ассамблее епископов он добился разрешения на развод, ссылаясь на якобы существовавшее родство с Ингеборгой.
Ингеборга, оставшаяся без поддержки и не говорившая ни на французском, ни на латыни, всё-таки заявила свой протест в обращении к папе Целестину III. Это стало причиной её двадцатилетнего заточения, во время которого Ингеборга страдала от жестокости и унижений. Её положение было известно всей Европе. Папство посвятило этой трагедии четыре церковных собора, которые постановили, что развод был незаконным, так как супруги не состояли в родстве, а Ингеборга настаивала на сохранении брака. 13 марта 1195 года папа Целестин III объявил решение ассамблеи незаконным, однако, несмотря на это, Филипп II женился 1 июня 1196 года на Агнессе Меранской.
Целестин III умер 8 января 1198 года, так и не сумев заставить короля подчиниться своей воле. По настоянию Иннокентия III, который 6 декабря 1199 года на церковном соборе в Дижоне отлучил короля от церкви, Филипп признал Ингеборгу своей женой, но вскоре снова отверг её.
Иннокентий III вновь поддержал претензии Ингеборги настаивавшей, что именно она законная жена короля Франции, и по причине кровного родства между Филиппом и Агнессой — прадед Филиппа, Энгельберт II Истрийский и прапрабабка Агнессы, Ришардис, были братом и сестрой. После безрезультатных переговоров Иннокентий III наложил 13 января 1200 года на Францию интердикт.
Филипп II сделав вид, что подчинился желанию папы, вернул Ингеборгу ко двору. 7 сентября 1200 года на ассамблее епископов в замке Святого Легера в Неле Филипп сообщил, что интердикт снят. Затем он заключил Ингеборгу в замок Дурдан и вернул Агнессу. В марте 1201 года церковный собор в Суассоне потребовал от Филиппа Августа соблюдение брака с Ингеборгой.
20 июля 1201 года Агнесса Меранская скончалась при родах третьего ребенка, который умер вскоре после своего рождения. Дочь и сын короля от Агнессы — Филипп и Мария были узаконены папой по просьбе французского короля 2 ноября 1201 года.
Агнесса была похоронена в королевском аббатстве Святого Корентина, в пятнадцати километрах к югу от Манта. Её кончина причинила королю огромную боль, так как он очень её любил.