Архиепископ Макарий III избран первым президентом Республики Кипр
1 апреля 1955 года на Кипре вспыхнуло восстание за освобождение острова. Между английским губернатором Кипра фельдмаршалом Хардингом и Архиепископом Макарием как вождем кипрского народа начались переговоры, которые длились с октября 1955 по март 1956 года, но к соглашению сторон не привели. Когда Архиепископ Макариос отказался принять навязываемый англичанами план решения кипрского вопроса, английское правительство 5 марта 1956 года официально заявило, что переговоры между британцами и киприотами прерваны.
За активную борьбу за права греков-киприотов Архиепископ вместе с митрополитом Киренийским Киприаном по приказанию губернатора Хардинга 9 марта 1956 году был тайно взят под стражу и сослан на Сейшельские острова. Здесь Архиепископ Макарий построил на свои средства школу для детей из местного населения.
В 1957 году под давлением киприотов и мировой общественности Архиепископ Макарий и митрополит Киренийский Киприан были освобождены с условием, чтобы, оставив место заключения, они отправились куда угодно, но не на Кипр, после чего оба уехали в Афины.
Находясь в изгнании, решительно выступил против осуществления на острове «плана Макмиллана», заключавшегося в сохранении Кипра в качестве военной базы.
В феврале 1959 года участвовал в Лондонском совещании, явившемся продолжением переговоров в Цюрихе. В Лондоне были подписаны соглашения, на основе которых позднее острову была предоставлена самостоятельность. В марте того же года, после принятия Цюрихско-Лондонского соглашения, Архиепископ Макарий и митрополит Киприан уже смогли возвратиться на Кипр. В апреле вернулся на Кипр и митрополит Пафский Фотий.
В декабре 1959 года в ходе первых президентских выборов при поддержке ЭОКА был избран президентом независимого Кипра и занял свой пост 16 августа 1960 года.
После того как Кипр получил независимость, и в ходе переговоров между Англией, Грецией и Турцией был разделён на две общины — турецкую и греческую. Британия сохранила за собой две суверенные базы Акротири и Декелия. На остров было введено небольшое количество войск Греции и Турции.
По конституции 1960 года было признано существование двух самоуправляемых общин, греческой и турецкой. Баланс сил, установленный по ливанской модели, поддерживался державами — гарантами, Великобританией, Грецией и Турцией. Установленные этнические квоты не соответствовали проценту турок в населении. Так, в полиции и госаппарате устанавливалась квота 30 %, в армии 40 %.
В то же время среди греков оставалась крайне популярной идея энозиса, совершенно неприемлемая для турок-киприотов. В ответ на доктрину энозиса турецкое население выдвинуло доктрину таксим, разделения острова на греческую часть, свободную совершить энозис, если она так пожелает, и турецкую. Сложность была в смешении греков и турок по всему острову, так что практическое воплощение доктрины таксим потребовало бы перемещения больших масс людей.
Между двумя общинами постепенно начала нарастать напряжённость, вызванная как несовместимыми ожиданиями, так и следующими фактами:
- Этническая квота 70:30 греков к туркам в органах власти была объявлена конституцией, но не выполнялась;
- Образование раздельных муниципалитетов также не было проведено;
- Право вето лидеров турок-киприотов при принятии налогов;
- Вице-президентом по конституции являлся турок, обладавший правом вето по вопросам внешней политики, тогда как министром иностранных дел — грек, что приводило к конфликтам;
Нарастание межобщинной напряжённости привело к образованию вооружённых формирований, фактически попавших под контроль, соответственно, Греции и Турции.
В ответ на деятельность ЭОКА турецкая община сформировала организацию ТМТ.
В ноябре 1963 лидер греков Архиепископ Макарий III предложил серию поправок, призванных вернуть конституции работоспособность. Они были полностью отвергнуты турками, и лидером турецкой общины вице-президентом доктором Фазылом Кючюком. Турки отказались от участия в любых органах власти.