Папой римским под именем Лев IX был избран граф Бруно фон Эгисхайм-Дагсбург
Двоюродный брат императора Конрада II и дальний родственник Генриха III, а также один из последних представителей династии Этихонидов. Он родился в Эгисхайме, Верхний Эльзас.
Лев IX был епископом в Туле, в семье Гуго IV. На этой должности он оказал важные политические услуги Конраду II и Генриху III. Он также стал широко известен как искренний сторонник реформирования церкви в духе Клюнийского движения.
После смерти папы Дамасия II в 1048 году, благодаря влиянию императора Генриха III, Бруно был избран новым папой на синоде в Вормсе. И император, и римские делегаты согласились с выбором. Тем не менее, Бруно, по-видимому, выступал за каноническое избрание и заявил, что он должен сначала прибыть в Рим и быть избранным духовенством и народом Рима. Вскоре после Рождества он встретился с аббатом Гуго Клюнийским в Безансоне, где к нему присоединился молодой монах Хильдебранд, который впоследствии стал папой Григорием VII. Прибыв в паломнической одежде в Рим в феврале следующего года, Бруно был принят с большим радушием и рукоположён под именем Льва IX.
Лев положил начало спорам по поводу инвеституры и безбрачия духовенства. Он был ярым сторонником реформы церкви. Не выступая против назначения королём епископов и аббатов, основные усилия сосредоточил на подъёме морального уровня духовенства. Проявил себя решительным борцом с симонией, обусловленной на тот момент практикой светской инвеституры. Уже в апреле 1049 г. созвал собор в Риме, который сместил ряд епископов. В октябре 1049 г. созвал собор в Реймсе. В Реймском соборе он повелел выставить на алтаре гроб с мощами св. Ремигия, окрестившего Хлодвига. Каждый из присутствовавших на соборе епископов и аббатов должен был поклясться перед этими мощами, что он невиновен в грехе симонии.
После прибытия в Рим он провёл ещё один пасхальный синод 29 апреля 1050 года. Он был посвящён в основном полемике по поводу учения Беренгара Турского. В том же году он председательствовал на провинциальных соборах в Салерно, Сипонто и Верчелли, а в сентябре отбыл в Германию. Вернувшись, он провел третий пасхальный синод, на котором поставил вопрос о возвращении в лоно церкви тех, кто был рукоположен симонистами.
В постоянном страхе нападения норманнов на юг Италии византийцы призвали папу противостоять им. После четвёртого пасхального синода в 1053 году Лев IX выступил против норманнов на юге с армией из итальянских и швабских наемников. Войска папы были разбиты в битве при Чивитате 15 июня 1053 года, а папа оказался в почетном плену до марта 1054 года в Беневенто, пока он не признал завоевания норманнов в Калабрии и Апулии. Вскоре после возвращения в Рим он умер 19 апреля 1054 года.
Лев IX впервые ввёл в коллегию кардиналов неитальянцев, являвшихся сторонниками церковной реформы. Лев IX был первым из пап, кто после 250-летнего перерыва отважился совершить поездки к северу от Альп. Стремление Льва IX подчинить себе юг Италии, находившийся под церковной юрисдикцией константинопольского патриарха, получить при этом военную помощь в борьбе с норманнами или от Византии, или от конфликтовавшей с Византией Руси послужило толчком к острому конфликту с византийской церковью, вылившемуся в Великий Раскол.
В 1054 римский папа Лев IX послал в Константинополь легатов во главе с кардиналом Гумбертом для разрешения конфликта, начало которому было положено закрытием в 1053 латинских церквей в Константинополе по распоряжению патриарха Михаила Кирулария, при котором его «канцлер» Никифор выбрасывал из дарохранительниц Святые Дары, приготовленные по западному обычаю из пресного хлеба, и топтал их ногами.
Однако найти путь к примирению не удалось, и через три месяца после смерти Льва IX 16 июля 1054 в соборе Святой Софии папские легаты объявили о низложении Кирулария и его отлучении от Церкви. В ответ на это 20 июля патриарх предал анафеме легатов. Так произошло раскол Церкви.