Вице-королевская аудиенция выпустила королевское постановление, где напомнило, что монахам запрещено иметь «кандалы, цепи и темницы в своих монастырях»
12 августа 1574 года аудиенция рассмотрела дело и выпустила королевское постановление губернатору и епископу. Аудиенция напомнила епископу де Ланде о королевской cedula от 4 сентября 1570 года, в которой было запрещено монахам иметь «кандалы, цепи и темницы в своих монастырях». Также аудиенция напомнила де Ланде, что ему следует защищать индейцев, «младших в вере», и что ему и его монахам не следует донимать индейцев жестокими наказаниями за вероотступничество и возвращение к идолопоклонству.
По этому делу вице-король выдал специальные наказы местному губернатору противодействовать епископским продолжающимся кампаниям по искоренению идолопоклонства. Губернатор Франсиско Веласкес де Гихон получил прямые указания, чтобы тот не позволял епископу и его уполномоченным судьям арестовывать, пытать или подвергать индейцев таким суровым наказаниям. Вице-король также наказал губернатору удостовериться, что монахи не узурпировали королевскую юрисдикцию. Кроме того, аудиенция потребовала от губернатора освободить всех заключённых индейцев, которых епископ и уполномоченные судья ещё держат в темницах в преддверии вынесения вердикта. Подчиняясь этому приказу, Веласкес силой вызволил несколько сотен майя из церковных тюрем.
Конфликт церковь-государство обострился ещё раз когда епископ де Ланда предпринял контратаку в письме к монарху. В этом письме де Ланда мстил своему обидчику губернатору Веласкесу, заявляя, что тот жестоко обращался со многими индейцами. Епископ вменял губернатору отсутствие моральных качеств. Де Ланда зашёл так далеко, что даже обвинил Веласкеса в том, что тот является плохим христианином и что он совершил прелюбодеяние с замужней женщиной. Де Ланда заявлял:
Касаемо честности и общественной деятельности губернатора, бесчестно и нелепо считать его хорошим человеком, о чём Ваша Светлость узнает из прилагаемой информации, которую я отправляю вместе с этим письмом… Я отправил это с целью жалобы Богу и Вашей Светлости о многих правонарушениях и злоупотреблениях различного рода… Я шокирован тем, что один из судей Вашего Величества так постыдно плохо обращается со мной, видя в моей персоне представителя Святой Церкви здесь… Также Вы должны знать, что губернатор открыто сожительствует с замужней женщиной, чей муж находится вне провинции, и это послужило причиной довольно публичного скандала…
В ответ губернатор выдвинул свои обвинения против епископа. Один из личных служителей губернатора написал письмо с жалобой на чрезмерно рьяный и конфликтный характер епископа. Кристобаль Тиноко писал:
Кто уж возмутил провинцию, так это епископ и это всем известно, потому как он не ладит здесь с гражданами и со светским правосудием, и никогда не будет ладить в виду его ужасного и конфликтного характера, и его необузданного стремления к командованию и контролю всего и всем!
Но ни аудиенция, ни губернатор не помешали де Ланде продолжить назначения францисканцев в качестве уполномоченных судей по идолопоклонству. И снова майя и их религиозные обычаи остались в центре конфликта церковь-государство. В качестве возмездия, губернатор и его светские власти постоянно отказывались предоставлять епископу и его уполномоченным судьям auxilio.
Это противостояние достигло ещё одной кульминации в начале 1575 года, когда епископ получил сообщение о существовании большого количества идолопоклонников майя в одном восточном регионе. Де Ланда отправил своего главного церковного судью, Juez Provisor y Vicario General, к губернатору Веласкесу за королевским auxilio, чтобы арестовать обвиняемых идолопоклонников. Губернатор отказался предоставлять епископу auxilio и Juez Provisor напомнил Веласкесу, что он по закону обязан предоставить auxilio и что в противном случае ему грозит отлучение от церкви. Разозлённый аргументами Juez Provisor-а, губернатор распорядился арестовать того и отправить в цепях в государственную тюрьму в центре Мериды.
Разъярённый из-за ареста своего главного церковного судьи и разозлённый на отказ в предоставлении auxilio, епископ де Ланда возбудил официальный судебный процесс против губернатора и отлучил того от церкви. В ответ губернатор отправил Provisor в цепях в Мехико. Только после того как ему стало известно, что корабль отплыл в Веракрус, Веласкес отправился к епископу за отпущением грехов.